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henghengyouyou銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
公布的基因組沒有這個基因的注釋，而用其他軟件發(fā)現(xiàn)了這個基因，如何？
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如題，本人在做定位，在（高粱基因組）區(qū)間內(nèi)發(fā)現(xiàn)一段序列( around 60kb)沒有預(yù)測注釋基因。 但是其他文章提到過這個區(qū)間至少有三個基因，他用softberry預(yù)測的，我也同樣預(yù)測到了。我用NCBI做blast，也沒發(fā)現(xiàn)有相關(guān)的已報道EST數(shù)據(jù)，可能是做的人非常的少，也可能其他原因。 但是之前發(fā)表文章的那個人確實做了這幾個基因的表達，存在表達，但是那人沒有克隆做功能鑒定，可能這段序列比較復(fù)雜。 現(xiàn)在疑問了，這幾個基因到底存在不？基因組數(shù)據(jù)庫好像不太可靠�。ü烙嬛荒茉囼烌炞C）。 這三個基因的同源性特別高，轉(zhuǎn)錄方向相同，三個基因的的上、下游序列也是相似性很高，并且基因間發(fā)現(xiàn)有LTR原件，三個基因外的相同位置都發(fā)現(xiàn)了正向重復(fù)序列。請問，基因被轉(zhuǎn)座了基因本身會發(fā)生變異么？轉(zhuǎn)座子可以帶著基因直接轉(zhuǎn)座到相鄰位置進行duplication不？ 謝謝！ |
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henghengyouyou
銀蟲 (正式寫手)
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3樓2013-03-31 00:36:01
【答案】應(yīng)助回帖
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| 樓主克隆的是什么基因？抗病基因？樓主說的情況很正常啊，基因組數(shù)據(jù)庫不一定非常完整全面，特別像高粱這樣的研究的相對較少的基因組。一些抗病相關(guān)基因都是串聯(lián)排列的，有時十幾個都有可能。這種情況下轉(zhuǎn)座造成的可能性較小，而應(yīng)該是發(fā)生了unequal crossover造成的duplication。 |
2樓2013-03-30 21:25:02
4樓2013-03-31 12:20:13
henghengyouyou
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5樓2013-04-01 03:53:15
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