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henghengyouyou銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
公布的基因組沒(méi)有這個(gè)基因的注釋?zhuān)闷渌浖l(fā)現(xiàn)了這個(gè)基因，如何？
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如題，本人在做定位，在（高粱基因組）區(qū)間內(nèi)發(fā)現(xiàn)一段序列( around 60kb)沒(méi)有預(yù)測(cè)注釋基因。 但是其他文章提到過(guò)這個(gè)區(qū)間至少有三個(gè)基因，他用softberry預(yù)測(cè)的，我也同樣預(yù)測(cè)到了。我用NCBI做blast，也沒(méi)發(fā)現(xiàn)有相關(guān)的已報(bào)道EST數(shù)據(jù)，可能是做的人非常的少，也可能其他原因。 但是之前發(fā)表文章的那個(gè)人確實(shí)做了這幾個(gè)基因的表達(dá)，存在表達(dá)，但是那人沒(méi)有克隆做功能鑒定，可能這段序列比較復(fù)雜。 現(xiàn)在疑問(wèn)了，這幾個(gè)基因到底存在不？基因組數(shù)據(jù)庫(kù)好像不太可靠�。ü烙�(jì)只能試驗(yàn)驗(yàn)證）。 這三個(gè)基因的同源性特別高，轉(zhuǎn)錄方向相同，三個(gè)基因的的上、下游序列也是相似性很高，并且基因間發(fā)現(xiàn)有LTR原件，三個(gè)基因外的相同位置都發(fā)現(xiàn)了正向重復(fù)序列。請(qǐng)問(wèn)，基因被轉(zhuǎn)座了基因本身會(huì)發(fā)生變異么？轉(zhuǎn)座子可以帶著基因直接轉(zhuǎn)座到相鄰位置進(jìn)行duplication不？ 謝謝！ |
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 基因工程和分子生物學(xué) |
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4樓2013-03-31 12:20:13
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
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henghengyouyou: 金幣+2, ★★★很有幫助 2013-03-31 00:20:37
gyesang: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖應(yīng)助！ 2013-05-31 16:17:28
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| 樓主克隆的是什么基因？抗病基因？樓主說(shuō)的情況很正常啊，基因組數(shù)據(jù)庫(kù)不一定非常完整全面，特別像高粱這樣的研究的相對(duì)較少的基因組。一些抗病相關(guān)基因都是串聯(lián)排列的，有時(shí)十幾個(gè)都有可能。這種情況下轉(zhuǎn)座造成的可能性較小，而應(yīng)該是發(fā)生了unequal crossover造成的duplication。 |
2樓2013-03-30 21:25:02
henghengyouyou
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3樓2013-03-31 00:36:01
henghengyouyou
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5樓2013-04-01 03:53:15
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