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[求助]
分子對接的評價(jià)問題
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我做的是蛋白與小分子對接 我想請教如何評價(jià)分子對接是否可靠，是否穩(wěn)定？ 如何比較不同的小分子對統(tǒng)一蛋白的結(jié)合能力或者親和力 在DS上是哪一個(gè)模塊實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能。。。 謝謝 |
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 分子動(dòng)力學(xué) | Autodock | MD資料 |
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2樓2013-04-03 19:06:09
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 比較保守也是合理的方法是找一個(gè)參照物。比方說這個(gè)口袋已經(jīng)有人實(shí)驗(yàn)做了某些配體，證明了活性。用這個(gè)化合物去作為體系的參照。不管用什么軟件對接，都同時(shí)將該配體的打分與自己的分子打分做對照。然后分析跟口袋殘基的相互作用。如果打分接近，并且相互作用的殘基也差不多，基本上你的配體就算是個(gè)有好活性的配體。當(dāng)然還有一個(gè)很重要的就是如果你能夠知道這個(gè)口袋的藥效團(tuán)，盡量讓自己的配體跟這些藥效團(tuán)有作用。 |
3樓2013-04-03 19:23:19
autodockytu 
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4樓2013-04-04 17:56:49
5樓2013-04-04 17:58:53
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