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huyingdamon
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[求助]
真心求助，希望大家?guī)蛶兔?
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| 我要計(jì)算兩個(gè)分子之間的相互作用能，先要知道他們的pdb文件，不是蛋白分子，請(qǐng)問我應(yīng)該怎么得到pdb文件，然后怎么轉(zhuǎn)成拓?fù)湮募�。謝謝大家啦…… |
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如果分子量不大的話，拓?fù)湮募叶际亲约簩懙?br />
1，可以從GROMACS中提供的立場(chǎng)文件中尋找你需要的力場(chǎng)參數(shù)，在user/local/.../gromacs/top/中，大部分的力場(chǎng)參數(shù)都可以找到的。 2，也可以從文獻(xiàn)中查找力場(chǎng)參數(shù) 至于那個(gè)坐標(biāo)文件，我都是用gaussian view或者ms建立單體，然后轉(zhuǎn)成自己需要的體系 希望對(duì)你有幫助。 |
5樓2013-05-11 09:55:45
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