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[求助]
真心求助，希望大家?guī)蛶兔?
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| 我要計算兩個分子之間的相互作用能，先要知道他們的pdb文件，不是蛋白分子，請問我應該怎么得到pdb文件，然后怎么轉(zhuǎn)成拓撲文件。謝謝大家啦…… |
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3樓2013-05-08 19:22:03
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2樓2013-05-08 17:16:21
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huyingdamon: 金幣+4, ★有幫助 2013-05-13 12:34:39
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如果分子量不大的話，拓撲文件我都是自己寫的 1，可以從GROMACS中提供的立場文件中尋找你需要的力場參數(shù)，在user/local/.../gromacs/top/中，大部分的力場參數(shù)都可以找到的。 2，也可以從文獻中查找力場參數(shù) 至于那個坐標文件，我都是用gaussian view或者ms建立單體，然后轉(zhuǎn)成自己需要的體系 希望對你有幫助。 |
5樓2013-05-11 09:55:45
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