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voleyes銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
用gromacs 做 NPT模擬的時(shí)候出錯(cuò)
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Fatal error: The X-size of the box (6.190344) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (8) times the smallest allowed cell size (0.773953) 這是怎么回事？應(yīng)該怎么解決呢？ |
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3樓2013-06-17 09:24:42
【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-17 09:22:47
voleyes: 金幣+3 2013-06-17 17:35:59
jiaoyixiong: 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-17 09:22:47
voleyes: 金幣+3 2013-06-17 17:35:59
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是跑的并行計(jì)算吧？ 你的模擬體系最小體系邊長(zhǎng)為0.7793 nm，現(xiàn)在你的盒子x軸邊長(zhǎng)為6.190344。你設(shè)定的并行參數(shù)需要在x軸把盒子8等分，不夠分了。 可以試著檢查一下1－4相互作用，constraint bond 等等。這些對(duì)最小體系邊長(zhǎng)都有影響，如果確定都o(jì)kay的話，最簡(jiǎn)單的方法：減少并行所需的CPU數(shù)目。 |
2樓2013-06-17 09:08:25
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