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蟈蟈蟲26

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 植物學(xué)研究的新技術(shù)、新方

[求助] 候選基因序列無變化，但是表達(dá)量有差異，這是什么原因引起的？

（1）我的候選基因有8個(gè)，然后我均測了cDNA，沒有差異。實(shí)在沒辦法，我就只好做個(gè)半定量，然后發(fā)現(xiàn)其中有一個(gè)基因是有表達(dá)量的差異的。（材料1圖片是一個(gè)基因，我做了兩遍，這兩張圖前面兩個(gè)是野生型，后面的兩個(gè)是突變體。）我做了好幾遍，都得到這樣的結(jié)果，其他的候選基因表達(dá)量是完全一樣的亮度。那我就覺得應(yīng)該是這個(gè)基因，可是我又測了這個(gè)基因的啟動子，發(fā)現(xiàn)啟動子也沒有差異，但是表達(dá)量上又有差異。我就解釋不了這個(gè)問題了？看了文獻(xiàn)說有可能是表觀遺傳學(xué)，那我要怎么進(jìn)行驗(yàn)證呢？
（2）第二個(gè)郁悶的事情是：另外一個(gè)材料區(qū)間里也有很多候選基因，我也像上一個(gè)材料一樣也是全部測了cDNA，但是也沒有差異，然后做半定量的時(shí)候發(fā)現(xiàn)有兩個(gè)基因有表達(dá)量的差異，而且這兩個(gè)基因中間還有8個(gè)基因，其他的8個(gè)都沒有差異，然后我做了3遍，都是這樣的結(jié)果，（材料2-1和2-2這兩個(gè)基因：前面兩個(gè)都是突變體，后面兩個(gè)是野生型）。當(dāng)然這兩個(gè)基因，我的啟動子還沒有測序，正在做……我不理解的問題是為什么會有兩個(gè)基因出現(xiàn)這種變化呢？
這兩個(gè)材料都是隱性核基因控制的，因?yàn)榉?:1的農(nóng)藝性狀。而且是由EMS誘變得到的。
我的問題是：
（1）材料1中為什么半定量驗(yàn)證的時(shí)候表達(dá)量有差異，可是啟動子和cDNA都沒有差異？
（2）如果材料1可能是表觀遺傳學(xué)，那我可以怎么進(jìn)行驗(yàn)證？通過專門的測序嗎？能不能介紹幾篇相關(guān)的文獻(xiàn)？
（3）材料2中為什么兩個(gè)基因都出現(xiàn)表達(dá)量的變化？
（4）我想問如果是某個(gè)候選基因引起的這種性狀，那么是不是在表達(dá)量上這個(gè)基因就肯定有變化？有沒有會出現(xiàn)表達(dá)量不變化的情況？

材料1.jpg

材料2-1.jpg

材料2-2.jpg

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1樓 2013-05-28 09:55:44

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bullfrog325

木蟲 (正式寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
蟈蟈蟲26: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-05-30 08:43:35

假設(shè)你的F2分離實(shí)驗(yàn)找對了區(qū)域:

（1）材料1中為什么半定量驗(yàn)證的時(shí)候表達(dá)量有差異，可是啟動子和cDNA都沒有差異？
>>可能啟動子找的范圍還沒有足夠大, 你把范圍擴(kuò)大點(diǎn)吧.

（2）如果材料1可能是表觀遺傳學(xué)，那我可以怎么進(jìn)行驗(yàn)證？通過專門的測序嗎？能不能介紹幾篇相關(guān)的文獻(xiàn)？
>>我建議先不要驗(yàn)證表觀遺傳的東西(范圍太寬了), 先做一個(gè)構(gòu)建(RNAi, 或者35S, 根據(jù)你發(fā)現(xiàn)的表達(dá)變化來定)轉(zhuǎn)植物, 如果表型是和你懷疑的基因表達(dá)量相關(guān), 你應(yīng)該會從轉(zhuǎn)基因植物上發(fā)現(xiàn)類似的表型. 確定了這個(gè)再好好研究是什么機(jī)理.

（3）材料2中為什么兩個(gè)基因都出現(xiàn)表達(dá)量的變化？
>>這個(gè)問題不會, 但是我覺得有表型的突變體應(yīng)該有很多基因表達(dá)水平有變化, 或許你的材料2中其中一個(gè)基因就是屬于這種情況.

（4）我想問如果是某個(gè)候選基因引起的這種性狀，那么是不是在表達(dá)量上這個(gè)基因就肯定有變化？有沒有會出現(xiàn)表達(dá)量不變化的情況？
>>不一定, 點(diǎn)突變一般不會影響基因的表達(dá)水平. 但是如果表達(dá)量不變, 蛋白序列也不變, 多半說明不是這個(gè)基因一起表型吧.

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回復(fù)此樓

2樓2013-05-29 00:40:01

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