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zhousf0114銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
基因表達(dá)問題
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各位蟲友好： 我想問一下，我的基因終止密碼后面無意的又加入了一個(gè)終止密碼子，然后后面是完整的3‘UTR序列，這樣的話會(huì)對表達(dá)效率造成影響嗎？因?yàn)槲疫x用的是自主型表達(dá)的啟動(dòng)子。 |
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凌波麗
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhousf0114: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-06-26 15:28:22
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zhousf0114: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-06-26 15:28:22
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目前對于翻譯的終止密碼子的文獻(xiàn)好像不是很強(qiáng)調(diào)多個(gè)終止密碼子之間會(huì)有相互干擾，我沒有看到過此類材料，除非更靠近3’末端的終止密碼子會(huì)參與形成特定的二級結(jié)構(gòu)，并且這樣的二級結(jié)構(gòu)足以影響前一個(gè)終止密碼子的所在區(qū)域形成新的二級結(jié)構(gòu)，或者說形成Riboswitch，不過至少在原核細(xì)胞中Riboswitch多在5'-UTR，在植物細(xì)胞中倒是有在3'-UTR形成Riboswitch的。但是即使形成了Riboswitch，沒有小分子的效應(yīng)物----SAM，TPP等，Riboswitch的構(gòu)象也不會(huì)發(fā)生改變而調(diào)節(jié)翻譯起始。Riboswitch對RNA的二級結(jié)構(gòu)的要求還是很高的，只加入一個(gè)終止密碼子不太可能形成新的Riboswitch。 至于會(huì)不會(huì)引起translational hopping 和 改變splicing ，著我就不知道了，但是translational hopping 和splicing 也是對于RNA的二級結(jié)構(gòu)有一定的要求，只加入一個(gè)終止密碼子不太可能形成新的translational hopping 和splicing 。 樓主可以做試驗(yàn)試一下。 |
6樓2013-06-25 20:39:58
Fleaves
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你好，不好意思現(xiàn)在才回復(fù)你。這個(gè)3‘utr我指的是和5’utr相應(yīng)的。具體來說，我的基因是想在bla啟動(dòng)子下啟動(dòng)表達(dá)的，所以我把某個(gè)質(zhì)粒上的氨芐青霉素基因給替換成我所要表達(dá)的基因，然后把整個(gè)包括氨芐抗性標(biāo)記前面的啟動(dòng)子加上5‘utr序列和后面的包括終止子序列的3’utr序列，還有我所要表達(dá)的基因一并用重疊pcr連接起來，把它連接到我所需的表達(dá)載體上進(jìn)行表達(dá)的。但是設(shè)計(jì)引物的時(shí)候粗心大意在目的基因終止密碼后面引入了另外一個(gè)種子密碼子。所以不知道影不影響翻譯效率什么的 |
4樓2013-06-25 19:04:50
zhousf0114
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5樓2013-06-25 19:06:07
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【答案】應(yīng)助回帖
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目前對于翻譯的終止密碼子的文獻(xiàn)好像不是很強(qiáng)調(diào)多個(gè)終止密碼子之間會(huì)有相互干擾，一般就是第一個(gè)終止密碼子（最為靠近5’末端）能夠起到中止翻譯的作用。 但是實(shí)際上也許不是一定會(huì)如此。 如果第一個(gè)終止密碼子與3’-UTR的間距與一般情況下的平均間距不是差得較多的話。但是如果更加最為靠近5’末端的那個(gè)終止密碼子對于3’-UTR的有關(guān)莖環(huán)結(jié)構(gòu)離得很遠(yuǎn)（超過2個(gè)以上的核糖體的最大寬度），而更靠近3’末端的那個(gè)終止密碼子對于3’-UTR的有關(guān)莖環(huán)結(jié)構(gòu)離得比較適當(dāng)（大致在1個(gè)核糖體的最大寬度之內(nèi)），那么核糖體到底選擇哪個(gè)終止密碼子可能就有一定的概率問題，既可能會(huì)選擇更靠近3’末端的那個(gè)終止密碼子的密碼子，怎可能不是一個(gè)熱力學(xué)問題，而是動(dòng)力學(xué)問題。 |
7樓2013-06-25 20:50:47
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