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woody196木蟲 (著名寫手)
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[求助]
植物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果
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| 各位有誰做過植物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，包括后期數(shù)據(jù)分析，能不能給點(diǎn)提示啊，比如后期處理數(shù)據(jù)的軟件介紹及具體操作等~~謝謝啦！！ |
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 Dionysius |
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grape_vine
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woody196
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3樓2013-07-02 18:21:46
grape_vine
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【答案】應(yīng)助回帖
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woody196: 金幣+5 2013-07-03 16:32:16
woody196: 金幣+5 2013-07-03 16:32:16
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轉(zhuǎn)錄組是近10年來伴隨著測(cè)序技術(shù)得進(jìn)步而出現(xiàn)的一個(gè)技術(shù),目前已經(jīng)非常成熟了.從我的理解來看: 1 目的 兩個(gè):1。 快速的知道一個(gè)沒有基因組背景的物種表達(dá)的基因的信息（這個(gè)目的一般選用產(chǎn)生長(zhǎng)片斷的測(cè)序技術(shù)，比如454，可以測(cè)到400多，不太確定阿。 hiseq2000測(cè)序，也就是常說的solexa測(cè)序，現(xiàn)在可以做到超過100bp，將轉(zhuǎn)錄組打斷以后，測(cè)序，再拼接，也有很多成功的例子）。 2�？焖俚哪玫侥闼P(guān)心的樣品里面基因表的豐度，即哪些基因上調(diào)表達(dá)了，哪些基因下調(diào)表達(dá)了。這個(gè)是用的最多的。后期輔助以定量驗(yàn)證，可以忽悠文章，也可以找?guī)讉�(gè)基因出來進(jìn)行進(jìn)一步的功能驗(yàn)證。 2 手段 不管是什么技術(shù)，都涉及到RNA的提取，文庫的構(gòu)建（其實(shí)就是連接測(cè)序得接頭）。這個(gè)一般公司都有服務(wù)。根據(jù)你的目的，選擇一種測(cè)序手段段，找公司談，他們可以給你講很多東西，你也就慢慢入門了。 3 分析方法 3.1 雜志序列去處 不管是什么測(cè)序技術(shù)，二代技術(shù)由于數(shù)據(jù)量大，里面有一定比例的序列質(zhì)量是比較低的。比如q值比較低，或者是一條序列里面Q值符合要求的沒有達(dá)到85%，需要在信息分析之前做trim和filter，留下可靠的結(jié)果做后續(xù)分析。 3.2 序列的拼接 不管選用什么手段，由于受到測(cè)序長(zhǎng)度的限制，都需要將得到的序列進(jìn)行拼接，得到盡可能長(zhǎng)的序列，這樣，序列里面含有的信息才完成，有利于后面的注視。我知道的拼接軟件老的cap3。 3.3 表達(dá)量分析。一個(gè)基因在一個(gè)樣品里被測(cè)到的次數(shù)，大體上代表了其表達(dá)量。但是直接比較兩個(gè)樣品中一個(gè)基因的所有片斷出現(xiàn)的次數(shù)，是比較危險(xiǎn)的，這還和你對(duì)每個(gè)樣品測(cè)序的深度有關(guān)。一般都有算法來結(jié)合基因出現(xiàn)的頻次和總的數(shù)量等參數(shù)，來計(jì)算一個(gè)基因在不同樣品量之間的表達(dá)差異。同時(shí)還要計(jì)算這種差異的p-value和FDR。利用這些結(jié)果來評(píng)估這種差異是不是真實(shí)的。 3.4 對(duì)于差異基因，不管有多少個(gè)，常規(guī)的做法是blast注釋，看看都是些啥。Go分類，看看都屬于那些功能范疇。另外，還可以做pathway分析，來看看涉及到某個(gè)pathway的基因是不是都具有相關(guān)的變化模式，來推測(cè)在你比較的樣品中是不是存在pathway層面的差別，為你的分析提供線索。這些基本上就是一個(gè)去粗取精，去偽存真的過程能。 接下來，你可以根據(jù)基因的變化倍數(shù)阿，基因功能阿，你研究的問題之類的參數(shù)，做個(gè)綜合評(píng)判，看哪些基因值得你接著做下去。誠(chéng)然，分析很重要，但是人品也很重要。 |
4樓2013-07-02 22:04:45
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