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履霜木蟲 (正式寫手)
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[求助]
免疫熒光染色,western blot均有目的蛋白,但是RT-PCR總是沒有條帶
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![]() ![]() ![]() 如題了,大家?guī)兔ο胂肓,這個蛋白是和脂肪代謝有關(guān)的,卵母細(xì)胞上面的。 |
核酸生物學(xué)實驗經(jīng)驗 |

專家顧問 (知名作家)
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專家經(jīng)驗: +218 |
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RT-PCR操作有問題吧。 在瓊脂糖凝膠分析中看到少量或沒有PCR產(chǎn)物的可能原因與對策: (1)RNA被降解(可能是主要的問題) 對策:①在用來驗證完整性之前先在變性膠上分析RNA,使用良好的無污染技術(shù)分離RNA; ②在將組織從動物體取出后立刻處理在100%甲酰胺中儲存RNA;③如果使用胎盤RNase抑制劑,不要加熱超過45℃或pH超過8.0,否則抑制劑或釋放所有結(jié)合的RNase。而且,在≥0.8mM DTT時加入RNase抑制劑,一定要存在DTT。 (2)RNA中包含逆轉(zhuǎn)錄抑制劑 對策:通過乙醇沉淀RNA除去抑制劑。用70%(v/v)乙醇對RNA沉淀進(jìn)行清洗?梢约尤胩窃0.25μg到0.4μg/μl)以幫助小量樣品RNA的恢復(fù)。(逆轉(zhuǎn)錄抑制劑包括:SDS, EDTA,甘油,焦磷酸鈉,spermidine,甲酰胺和胍鹽。)將對照RNA 同樣品混合,同對照 對策:①在用來驗證完整性之前先在變性膠上分析RNA,使用良好的無污染技術(shù)分離RNA; ②在將組織從動物體取出后立刻處理在100%甲酰胺中儲存RNA;③如果使用胎盤RNase抑制劑,不要加熱超過45℃或pH超過8.0,否則抑制劑或釋放所有結(jié)合的RNase。而且,在≥0.8mM DTT時加入RNase抑制劑,一定要存在DTT。 (3)多糖同RNA共沉淀 對策:使用氯化鋰沉淀RNA以除去多糖。 (4)用于合成cDNA第一鏈合成的引物沒有很好退火 對策:①確定退火溫度以適合引物。對于隨機六聚體,建議在反應(yīng)溫度保溫之前先在25℃到0.4μg/μl)以幫助小量樣品RNA的恢復(fù)。(逆轉(zhuǎn)錄抑制劑包括:SDS, EDTA,甘油,焦磷酸鈉,spermidine,甲酰胺和胍鹽。)將對照RNA 同樣品混合,同對照 RNA反應(yīng)比較產(chǎn)量以檢驗抑制劑。 (3)多糖同RNA共沉淀 對策:使用氯化鋰沉淀RNA以除去多糖。 (4)用于合成cDNA第一鏈合成的引物沒有很好退火 對策:①確定退火溫度以適合引物。對于隨機六聚體,建議在反應(yīng)溫度保溫之前先在25℃ 保溫10分鐘。②對于基因特異性引物(GSP),可以試一下其他GSP,或換用oligo(dT)或 隨機六聚體。③確定GSP是反義序列。 (5)起始RNA量不夠 對策:增加RNA量。對于<50ng的RNA樣品,可以在第一鏈cDNA合成中使用0.1μg到0.5μg隨機六聚體。③確定GSP是反義序列。 隨機六聚體。③確定GSP是反義序列。 (5)起始RNA量不夠 對策:增加RNA量。對于<50ng的RNA樣品,可以在第一鏈cDNA合成中使用0.1μg到0.5μg乙酰BSA。 (6)RNA模板二級結(jié)構(gòu)太多 對策:①將RNA 和引物在不含鹽及緩沖液條件下變性/退 火。②提高逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)溫度,對 SuperScriptⅡ可以到50℃,對ThermoScript 可以到 65℃。注意:不要在>60℃時使用 oligo(dT)引物,選擇一個在反應(yīng)溫度可以退火的GSP。對于>1kb的RT-PCR產(chǎn)物,保持反 應(yīng)溫度≤65℃。不要在高于37℃時使用M-MLV。③如果不需要全長cDNA,在第一鏈反應(yīng)中使用隨機引物。 (7)引物或模板對殘余的RNA模板敏感 對策:在PCR前用RNaseH處理。 (8)靶序列在分析的組織中不表達(dá) 對策:嘗試其他靶序列或組織 (9)PCR沒有起作用 對策:對兩步法RT-PCR,不要在PCR步驟中使用超過1/5的逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。 |
木蟲 (正式寫手)
如果是卵母細(xì)胞的話,那很好解釋。當(dāng)然前提是你的rtpcr實驗結(jié)果是靠得住的 。MII期的卵母細(xì)胞中積累了許多母源性的mRNA和蛋白,為受精到合子基因激活(ZGA)這段時間支持胚胎的發(fā)育。因為這段時期受精卵中雌雄原核正在不斷接近而重新形成2倍體,形成后還要經(jīng)歷表觀遺傳修飾的過程,所以合子基因組是不或極弱表達(dá)的,胚胎所有的活動都需要靠母源性mRNA翻譯為蛋白以及已有蛋白去完成(現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)好像還有小RNA什么的),mRNA的翻譯、降解及蛋白的降解都是受到非常嚴(yán)格的調(diào)控的。 一般情況是可以檢測到mRNA,但是卻沒有這種蛋白。樓主的情況比較少見,有蛋白而沒有mRNA,說明這種蛋白對于卵母細(xì)胞是非常重要的,但是受精后(至少在ZGA之前)卻并不需要或者不再多需要,所以沒有它的mRNA儲存。這是非常有趣的,好好做吧,也許可以出好文章。到時候要多給我金幣昂 ![]() 斑竹,這回可以給個EPI了吧?已經(jīng)寫了這么多,講的這么詳細(xì)了。非專業(yè)蟲子也應(yīng)該能看懂了。 |

木蟲 (正式寫手)

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