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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 綜合其他 » 基因序列
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基因序列
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如果一種植物沒有研究過，任何沒有任何序列報道，是不是只能依靠模式植物同源測序？ cexu [ Last edited by 尼爾墨客 on 2013-8-31 at 03:35 ] |
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 蛋白質(zhì)生物學實驗經(jīng)驗 | 核酸生物學實驗經(jīng)驗 | 細胞生物學實驗經(jīng)驗 |
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2樓2013-08-04 15:45:53
3樓2013-08-04 17:59:51
4樓2013-08-04 20:54:56
凌波麗
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尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
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尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
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研究方法很多了，你可以從信號途徑中的蛋白質(zhì)入手，其中末端蛋白質(zhì)可以指向是不是該信號途徑是通過基因表達調(diào)控發(fā)揮作用的，實際研究時可以末端蛋白質(zhì)出發(fā)往前找�；狙芯糠椒ㄊ荄NAProtein interaction,Protein-Protein interaction，基因或者蛋白質(zhì)的功能四個方面的研究方法。 一、確定一個未知基因的功能的實驗方法有很多，比如：基因敲除，酵母雙雜交，定點突變，基因過表達，噬菌體展示等。 另外如果已知該GENE(如果它編碼蛋白質(zhì)的話)的表達出的蛋白質(zhì)的一級結構和三維結構已經(jīng)獲得,比如用X-RAY衍射或NMR等測定,再利用TOP3D查詢本地PDB庫,以及查詢DALI數(shù)據(jù)庫,去找出較為相似的結構或同源蛋白質(zhì)可推測未知蛋白質(zhì)的功能。如果找不到相似的結構或同源蛋白質(zhì)，而且所研究的GENE編碼的蛋白質(zhì)的一級結構和三維結構，那么你就應從其局部結構入手，看其有關的domain,motif有哪些？然后去查閱有關的domain,motif的可能功能，再去比較一下有這些domain,motif的蛋白質(zhì)的功能有哪些？還可比較與你的新蛋白質(zhì)的空間結構相似的以知蛋白質(zhì)（兩者一級結構可有較大不同）的功能有哪些？可用免疫檢測。完全避開從GENE EXPRESSION角度去確定一個未知PROTEIN的功能，這在目前不大可能，別的不說，即使從蛋白質(zhì)的一級序列用生物信息學和理論生物物理學方法推出二級結構都不是很準（無論具體用何種算法），從蛋白質(zhì)的三維結構預測其功能，即使有同源蛋白質(zhì)也很不容易，而且只不過是猜測，沒有實驗證據(jù)證明都不可信！完全從生物信息學的手段獲得功能信息，可能根本無實際價值。當然做些猜測，可用上面的思路。最終要考第一段的實研方法。 基因的異位表達或者過表達也是有效的研究基因的功能的試驗方法，比如2006年iPS cell的長生就是使用了基因的異位表達或者過表達方法。 二、信號轉導末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括： 1.代謝酶，影響細胞代謝；2.基因表達調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達：3.細胞骨架蛋白：改變細胞形狀和運動。 ------參見：翟中和、王喜忠、丁明孝 主編，細胞生物學，高教出版社，2011年，第四版，第162頁，圖9-7.原圖是說明細胞表面受體介導的細胞信號傳導系統(tǒng)的組成。 實際上還有如NO,CO氣體信號分子直接透過細胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號傳導途徑和甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過細胞質(zhì)膜與核膜與細胞核內(nèi)受體結合而調(diào)控基因表達。 但是NO,CO氣體信號分子直接透過細胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號傳導途徑的信號轉導末端靶蛋白也是代謝酶，甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過細胞質(zhì)膜與核膜與細胞核內(nèi)受體結合而調(diào)控基因表達的信號轉導末端靶蛋白也是基因表達調(diào)控蛋白，所以“信號轉導末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括：1.代謝酶，影響細胞代謝；2.基因表達調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達：3.細胞骨架蛋白：改變細胞形狀和運動”，仍然成立！ 信號通路遠不止三種，細胞信號傳導系統(tǒng)的細胞表面的介導受體的就包括：離子通道偶聯(lián)受體、G蛋白偶聯(lián)受體和酶聯(lián)受體三種，至于轉錄因子屬于細胞信號通路的末端蛋白質(zhì)之一的基因表達調(diào)控蛋白，但是.基因表達調(diào)控蛋白不只限于轉錄因子。 |
5樓2013-08-05 00:32:52
凌波麗
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4226667 這貼樓主參考一下吧，具體我們可以繼續(xù)討論。 |
6樓2013-08-05 00:36:37
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7樓2013-08-06 00:22:24
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| 當然，小分子-蛋白質(zhì)相互作用可以用分子對接預測軟件、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用可以用protein-protein interaction computational analysis software，不過也可以不搞那么復雜，而且生物信息學軟件有時誤差也是比較大的。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用就用最普通的Pull down,免疫共沉淀技術就行，事先可以用紅外、CD、紫外光譜檢測蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用時的空間結構發(fā)生變化而產(chǎn)生的光譜變化，并且選擇可能的蛋白質(zhì)時首先從該蛋白質(zhì)的細胞定位和可能的生物功能篩選�？梢詮某跏冀邮苄盘柗肿拥牡鞍踪|(zhì)開始釣取其緊鄰的下游蛋白質(zhì)，也可以從末端蛋白質(zhì)往上游釣取。 |
8樓2013-08-06 00:33:54
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