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lisuperyao鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
求助一個gromacs的并行腳本
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剛剛裝好了 gromacs試著跑了一些教程 感覺輸入指令太麻煩了 求一個能用的并行pbs腳本 我這里的linux系統(tǒng)版本是 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4 (Tikanga) 不知道系統(tǒng)是不是和腳本有關(guān)系 求各位幫助 |
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lisuperyao
鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
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wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 理論和計算化學
3樓2013-08-10 17:05:33
【答案】應(yīng)助回帖
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下面是，LAMMPI并行版本的 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
5樓2013-08-14 16:54:58
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