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新手，在分子設計中遇到的一系列問題，求助
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問題一： 在.pdb文件中采用chimera 1.8除去了水，氯離子，和受體中的藥，再點擊ligand時居然還有一個GLY 2000被選定，我在想這個氨基酸ligang是哪里來的，要不要刪除。據(jù)觀察，此氨基酸與酶中某一殘基以氫鍵相連，與藥物之間沒有氫鍵，可否要將其刪除之，才能得到受體.pdb？ 問題二: 在藥物中分離出羧基供ligbuilder GROW的種子文件時，分離后點擊name還是原來藥物的名字，C的標號也是原來藥物中標號。是否要將其表號變?yōu)轸然旧淼臉颂�？另外在藥物中并沒有H，是否要加H后才是羧基？另外，將pdb格式轉換為mol2格式時怎樣標記好生長點，得到“種子”文件，請問用openbabel怎樣標記生長點？ 問題三： 有人能詳細的將將LigBuilderV2的安裝和使用方法嗎?我對Linux系統(tǒng)不熟悉，感覺難度比較大。 |
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jianchen7882
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2樓2013-11-28 13:49:17
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