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關(guān)于蛋白酶特異性斷裂氨基酸序列的問題
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之前查閱資料發(fā)現(xiàn)好多蛋白酶可以特異的切斷某種特定的氨基酸序列,比如一種蛋白酶A可以特異的水解XX的氨基酸序列。 那么排除臨位氨基酸和空間結(jié)構(gòu)等因素,是不是我只要設(shè)計(jì)一個(gè)含有此序列的多肽,在條件合適的情況下蛋白酶就會(huì)只在這一點(diǎn)作用而不會(huì)影響其他的氨基酸序列。比如我有一個(gè)肽鏈YYYYYXXYYY,他是不是可以單一的斷裂成YYYYYX和XYYY兩種特定的序列呢? 一般來說只要不是太過分設(shè)計(jì)的肽鏈都可以按照特定需求催化斷裂嗎?求做蛋白酶相關(guān)實(shí)驗(yàn)的大神們解答。另外希望大神推薦幾種較為中性的比較常用的特異性蛋白酶。 |
新蟲 (初入文壇)
至尊木蟲 (著名寫手)
| 不完全是。在蛋白組學(xué)里有個(gè)missed cleavage的概念。比如最常用的trypsin,特異位點(diǎn)是不在P前面的KR。那理論上序列VADKMDAVRPRY可以分解成3部分,VADK,MDAVRPR,Y,但是如果走質(zhì)譜的話,也有可能觀察到MDAVRPRY,這個(gè)就有1個(gè)miss cleavage。 |
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