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[求助]
Amber 分子動(dòng)力學(xué) 求助�。。�！
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大家好！我用amber軟件跑了100ns的動(dòng)力學(xué)模擬，采用周期性邊界條件，顯性水溶劑模型，之前沒有在輸入文件中加入iwrap=1這個(gè)參數(shù)，跑到50ns的時(shí)候自動(dòng)斷掉！此時(shí)最后一幀構(gòu)象中有的原子坐標(biāo)為“****”，導(dǎo)致下一步不能讀取.rst文件繼續(xù)往下計(jì)算，（PS：原因是某些原子的坐標(biāo)跑出了水盒子？？） 加了iwrap=1這個(gè)命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一幀構(gòu)象發(fā)現(xiàn)，原來的蛋白構(gòu)象（二聚體）跑散了�。�！其中的配體也遠(yuǎn)離蛋白��！請(qǐng)問一下，這是怎么回事？？這個(gè)問題該如何解決？？急死人啊��！跑了很多天才跑完，無語了。。。。 |
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