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woody196木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
NCBI在線Blast的圖文說(shuō)明 已有12人參與
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BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說(shuō)明。 BLAST 采用一種局部的算法獲得兩個(gè)序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介紹： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢(xún)。庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢(xún)。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。與BLASTX相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢(xún)。此種查詢(xún)將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。 NCBI的在線blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 1，進(jìn)入在線blast界面，可以選擇blast特定的物種（如人，小鼠，水稻等），也可以選擇blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已經(jīng)有了介紹。這里以常用的核酸庫(kù)作為例子。 2，粘貼fasta格式的序列。選擇一個(gè)要比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)。關(guān)于數(shù)據(jù)庫(kù)的說(shuō)明請(qǐng)看NCBI在線blast數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)要說(shuō)明。一般的話參數(shù)默認(rèn)。 3，blast參數(shù)的設(shè)置。注意顯示的最大的結(jié)果數(shù)跟E值，E值是比較重要的。篩選的標(biāo)準(zhǔn)。最后會(huì)說(shuō)明一下。 4，注意一下你輸入的序列長(zhǎng)度。注意一下比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)的說(shuō)明。 5，blast結(jié)果的圖形顯示。沒(méi)啥好說(shuō)的。 6，blast結(jié)果的描述區(qū)域。注意分值與E值。分值越大越靠前了，E值越小也是這樣。 7，blast結(jié)果的詳細(xì)比對(duì)結(jié)果。注意比對(duì)到的序列長(zhǎng)度。評(píng)價(jià)一個(gè)blast結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)主要有三項(xiàng)，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上長(zhǎng)度的話，就有四個(gè)標(biāo)準(zhǔn)了。如圖中顯示，比對(duì)到的序列長(zhǎng)度為1405，看Identities這一值，才匹配到1344bp,而輸入的序列長(zhǎng)度也是為1344bp（看上面的圖），就說(shuō)明比對(duì)到的序列要長(zhǎng)一點(diǎn)。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有時(shí)也要注意3'端的。 附： E值（Expect)：表示隨機(jī)匹配的可能性，E值越大，隨機(jī)匹配的可能性也越大。E值接近零或?yàn)榱銜r(shí)，具本上就是完全匹配了。 一致性(Identities)：或相似性。匹配上的堿基數(shù)占總序列長(zhǎng)的百分?jǐn)?shù)。 缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"來(lái)表示。 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 5.jpg 6.jpg 7.jpg [ Last edited by woody196 on 2013-10-27 at 10:08 ] |
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woody196
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