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woody196木蟲 (著名寫手)
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[交流]
NCBI在線Blast的圖文說明 已有12人參與
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BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的統(tǒng)計說明。 BLAST 采用一種局部的算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介紹： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產(chǎn)生36種比對陣列。 NCBI的在線blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 1，進入在線blast界面，可以選擇blast特定的物種（如人，小鼠，水稻等），也可以選擇blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已經(jīng)有了介紹。這里以常用的核酸庫作為例子。 2，粘貼fasta格式的序列。選擇一個要比對的數(shù)據(jù)庫。關于數(shù)據(jù)庫的說明請看NCBI在線blast數(shù)據(jù)庫的簡要說明。一般的話參數(shù)默認。 3，blast參數(shù)的設置。注意顯示的最大的結果數(shù)跟E值，E值是比較重要的。篩選的標準。最后會說明一下。 4，注意一下你輸入的序列長度。注意一下比對的數(shù)據(jù)庫的說明。 5，blast結果的圖形顯示。沒啥好說的。 6，blast結果的描述區(qū)域。注意分值與E值。分值越大越靠前了，E值越小也是這樣。 7，blast結果的詳細比對結果。注意比對到的序列長度。評價一個blast結果的標準主要有三項，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上長度的話，就有四個標準了。如圖中顯示，比對到的序列長度為1405，看Identities這一值，才匹配到1344bp,而輸入的序列長度也是為1344bp（看上面的圖），就說明比對到的序列要長一點。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有時也要注意3'端的。 附： E值（Expect)：表示隨機匹配的可能性，E值越大，隨機匹配的可能性也越大。E值接近零或為零時，具本上就是完全匹配了。 一致性(Identities)：或相似性。匹配上的堿基數(shù)占總序列長的百分數(shù)。 缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"來表示。 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 5.jpg 6.jpg 7.jpg [ Last edited by woody196 on 2013-10-27 at 10:08 ] |
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