 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4425 | 回復(fù): 13 | |||||||||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||||||
woody196木蟲 (著名寫手)
|
[交流]
NCBI在線Blast的圖文說明 已有12人參與
|
||||||||
|
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對一種對相似性的統(tǒng)計說明。 BLAST 采用一種局部的算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介紹： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產(chǎn)生36種比對陣列。 NCBI的在線blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 1，進入在線blast界面，可以選擇blast特定的物種（如人，小鼠，水稻等），也可以選擇blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已經(jīng)有了介紹。這里以常用的核酸庫作為例子。 2，粘貼fasta格式的序列。選擇一個要比對的數(shù)據(jù)庫。關(guān)于數(shù)據(jù)庫的說明請看NCBI在線blast數(shù)據(jù)庫的簡要說明。一般的話參數(shù)默認。 3，blast參數(shù)的設(shè)置。注意顯示的最大的結(jié)果數(shù)跟E值，E值是比較重要的。篩選的標準。最后會說明一下。 4，注意一下你輸入的序列長度。注意一下比對的數(shù)據(jù)庫的說明。 5，blast結(jié)果的圖形顯示。沒啥好說的。 6，blast結(jié)果的描述區(qū)域。注意分值與E值。分值越大越靠前了，E值越小也是這樣。 7，blast結(jié)果的詳細比對結(jié)果。注意比對到的序列長度。評價一個blast結(jié)果的標準主要有三項，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上長度的話，就有四個標準了。如圖中顯示，比對到的序列長度為1405，看Identities這一值，才匹配到1344bp,而輸入的序列長度也是為1344bp（看上面的圖），就說明比對到的序列要長一點。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有時也要注意3'端的。 附： E值（Expect)：表示隨機匹配的可能性，E值越大，隨機匹配的可能性也越大。E值接近零或為零時，具本上就是完全匹配了。 一致性(Identities)：或相似性。匹配上的堿基數(shù)占總序列長的百分數(shù)。 缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"來表示。 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 5.jpg 6.jpg 7.jpg [ Last edited by woody196 on 2013-10-27 at 10:08 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 百寶箱 | 分子技術(shù)專輯 | 未來的生活 | 生物軟件 |
| 生物資源 | 文獻檢索 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
白慕水» 猜你喜歡
085801 總分275 本科新能源 求調(diào)劑
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
298分 070300求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料與化工306分找調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
260求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
296材料專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 轉(zhuǎn)錄組測序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些問題，求解答
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 核酸序列比對方法
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 怎樣在ncbi blast的比對結(jié)果上找到最相似的序列呢
已經(jīng)有7人回復(fù)
- NCBI BLAST的應(yīng)用
已經(jīng)有9人回復(fù)
- NCBI blast 序列比對遇到的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
已經(jīng)有31人回復(fù)
- NCBI在線blast的問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請問：NCBI Blast里得出的序列的 e value是什么意思？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 想要設(shè)計引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 謝謝啊
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【教程】NCBI、blast相關(guān)教程
已經(jīng)有233人回復(fù)
- （侯氏出品）圖文講解在NCBI搜索文獻
已經(jīng)有75人回復(fù)
- NCBI中的BLAST使用
已經(jīng)有12人回復(fù)
- NCBI上BLAST結(jié)果的標題翻譯成中文，怎么樣更準確？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST來找到一個基因的保守序列?
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助/交流】16s rDNA,在NCBI blast
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI中細菌Blast比對100%能不能說是一個種
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI blast的一個問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】懇求：如何進行序列拼接
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI中對設(shè)計的引物blast時E值怎么看？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI blast 具體
已經(jīng)有8人回復(fù)
- NCBI blast 結(jié)果一些參數(shù)的含義求高手指點
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【分享】 在NCBI上使用BLAST等工具的心得【已搜索無重復(fù)】
已經(jīng)有58人回復(fù)
感謝樓主的分享，很受益！ 
8樓2013-10-30 16:07:26
woody196
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 1774.3
- 散金: 2928
- 紅花: 22
- 帖子: 1284
- 在線: 141.4小時
- 蟲號: 2517758
- 注冊: 2013-06-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 植物進化生物學(xué)
3樓2013-10-27 10:14:29
Lisa_Liu
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 441.2
- 帖子: 57
- 在線: 21.6小時
- 蟲號: 1117182
- 注冊: 2010-10-09
- 性別: MM
- 專業(yè): 動物遺傳學(xué)
4樓2013-10-28 11:54:14
白慕水
榮譽版主 (文壇精英)
輕言軟語的語
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 貴賓: 0.581
- 金幣: 11692.8
- 散金: 51032
- 紅花: 458
- 沙發(fā): 419
- 帖子: 16964
- 在線: 2945小時
- 蟲號: 2219864
- 注冊: 2013-01-03
- 性別: MM
- 專業(yè): 系統(tǒng)生物學(xué)
- 管轄: 有機資源
5樓2013-10-28 15:08:10
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296材料專碩求調(diào)劑 +12 | 202451007219 2026-04-02 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +14 | Mary Keen 2026-03-28 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑 +8 | 雙馬尾痞老板2 2026-04-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +6 | 梁梁校校 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +4 | 學(xué)員97LZgn 2026-04-02 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +11 | 1xiaojun23 2026-03-31 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑11408 +4 | 劉小鹿lu 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)求調(diào)劑 +9 | manman511 2026-04-01 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)，325求調(diào)劑 +3 | mkkkkkl 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 377求調(diào)劑 +3 | RASKIN 2026-04-02 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +12 | 一樣YWY 2026-04-01 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +16 | PolarBear11 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-30 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +10 | @taotao 2026-03-31 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +8 | 愛羈絆 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +3 | Acesczlo 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 276求調(diào)劑 +3 | 趙久華 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南開大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑 +5 | 兔兔兔111223314 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 356求調(diào)劑 +3 | gysy?s?a 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330一志愿中國海洋大學(xué) 化學(xué)工程 085602 有讀博意愿 求調(diào)劑 +3 | wywy.. 2026-03-27 | 4/200 |
|