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dazhen9527新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
在一株菌里面找與已知基因功能相同的基因的詳細(xì)方法 已有1人參與
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| 如題,小弟新手,求詳解!KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)可以達(dá)到這種目的嗎? |

木蟲(chóng) (小有名氣)
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看你如何分析, 理論上先進(jìn)行基因組的預(yù)測(cè),然后將預(yù)測(cè)的基因跟數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì),blastp。 即真核 GenemarkES -》 基因氨基酸序列 -》跟數(shù)據(jù)庫(kù)的序列進(jìn)行blastp比對(duì) -》 對(duì)比對(duì)結(jié)果處理,得到比對(duì)的同源序列。 細(xì)菌預(yù)測(cè)用的是glimmer3而已。 已知參考序列的話,就直接跟參考序列進(jìn)行blast,非常近緣blastn,一般近緣還是blastp吧。 |
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