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shuangliu新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
SMD模型做溶劑化效應(yīng)
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輸入文件如下。好多結(jié)構(gòu)都是用同樣的命令進(jìn)行計(jì)算，各結(jié)構(gòu)原子數(shù)目等完全一樣，都在-1380多Hatree，只有一個(gè)結(jié)構(gòu)不正常在-2270多hatree.什么原因呢？怎么辦？ 還有，想請(qǐng)教一下SMD和IEFPCM的關(guān)系，看了說(shuō)明書(shū)沒(méi)看懂。。。  %chk=3A-PCM.chk # b3lyp/genecp scf=tight scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6) Title Card Required 0 1 |
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SMD溶劑模型包含了靜電和非靜電兩部分。靜電部分是使用特定參數(shù)下做IEFPCM計(jì)算，非靜電部分是根據(jù)原子類型和接觸面積近似得到的。參數(shù)是根據(jù)兩千多個(gè)參考數(shù)據(jù)擬合出來(lái)的，目的在于得到準(zhǔn)確的溶解自由能。 而平常說(shuō)的Onsagar、PCM、IEFPCM、CPCM、COSMO、SCIPCM之類溶劑模型都只考慮溶劑的靜電效應(yīng)。 |
12樓2013-11-19 18:49:55
槍下游魂
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高斯說(shuō)明書(shū)中是這樣解釋SMD的： SMD： 對(duì)于Truhlar 及合作者的SMD溶劑化模型使用半徑和非靜電項(xiàng)進(jìn)行 IEFPCM 計(jì)算。對(duì)于計(jì)算溶液的ΔG，這是推薦的選項(xiàng)，它通過(guò)對(duì)感興趣體系 進(jìn)行氣相和SCRF=SMD 計(jì)算，得到能量差來(lái)完成。 從說(shuō)明書(shū)來(lái)看，SMD這個(gè)關(guān)鍵詞在高斯里歸為PCM和CPCM模型的選項(xiàng)，而模型的關(guān)鍵詞里并沒(méi)有SMD選項(xiàng)。 所以我說(shuō)高斯的SMD是算自由能。 望朋友指正。 |
10樓2013-11-19 11:31:23
lishijunzong
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3樓2013-11-18 21:48:28
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4樓2013-11-18 21:49:52
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5樓2013-11-18 22:11:17
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