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[求助]
深圳超算中心vasp計算任務提交問題
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大家好，最近開始使用深圳超算中心的計算資源，給了32核的使用資源，但通過LSF提交作業(yè)后一直出現(xiàn)以下問題（附output輸出文件）。輸入文件的設置應該沒有問題，在另一個集群上計算是可以正常進行下去的（VASP版本相同） 還望大伙兒熱情應助哈 不勝感激！ 附： Warning: Permanently added 'gk1226,20.1.12.26' (RSA) to the list of known hosts. M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 running on 24 nodes M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 [gk0136:30250] *** An error occurred in MPI_Cartdim_get [gk0136:30250] *** on communicator MPI_COMM_WORLD [gk0136:30250] *** MPI_ERR_COMM: invalid communicator [gk0136:30250] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort) distr: one band on 4 nodes, 5 groups vasp.5.2.2 15Apr09 complex POSCAR found type information on POSCAR Cu O POSCAR found : 2 types and 48 ions LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, Vosko type interpolation para-ferro POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ...( 4 ) reading WAVECAR -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 22 with PID 30237 on node gk0136 exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). -------------------------------------------------------------------------- [gk0136:30224] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal [gk0136:30224] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages Job /lsfhome/Soft/lsf/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /home-gk/users/nscc472_LJ/bin/vasp TID HOST_NAME COMMAND_LINE STATUS TERMINATION_TIME ===== ========== ================ ======================= =================== 00000 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00001 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00002 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00003 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00004 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00005 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00006 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00007 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00008 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00009 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00010 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00011 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00012 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00013 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00014 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00015 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00016 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00017 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00018 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00019 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00020 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00021 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00022 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00023 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 |
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emilyoyang
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3樓2013-11-28 10:58:39
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先自頂一個 領這兒有一個類似問題的帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=5110248&target=self&page=1 但是根據(jù)鏈接提示還是不曉得該怎么解決哎 求大神指導  |
2樓2013-11-28 10:31:31
4樓2013-11-28 11:14:31
emilyoyang
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5樓2013-11-28 11:30:14
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