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lemian木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于16S rRNA基因絕對(duì)熒光定量的問題 已有1人參與
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蟲友們，我想請(qǐng)教一個(gè)問題。 我有一批樣品做了16S rRNA基因V3-V5區(qū)高通量測序，得到了一個(gè)OTU相對(duì)豐度矩陣。然后我用絕對(duì)熒光定量做了16S rRNA基因V4區(qū)的分析，得到了原始DNA 16S rRNA基因的拷貝數(shù)。我想能不能在每個(gè)樣品中用OTU相對(duì)豐度乘以熒光定量獲得的該樣品的拷貝數(shù)，最終能不能得到一個(gè)OTU絕對(duì)豐度的矩陣。然后用于后續(xù)分析，如alpha多樣性beta多樣性等。 |
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lemian
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7樓2013-12-04 23:10:40
lemian
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3樓2013-12-03 19:01:05
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【答案】應(yīng)助回帖
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lemian: 金幣+1, ★有幫助 2013-12-04 23:19:18
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多樣性你直接采用高通量測序得到的OTU相對(duì)豐度就可以了。 那個(gè)絕對(duì)拷貝數(shù)沒必要用。 OTU相對(duì)豐度乘以熒光定量獲得的該樣品的拷貝數(shù)也就是絕對(duì)風(fēng)度再計(jì)算多樣性跟相對(duì)豐度計(jì)算式一樣的，只是多了一個(gè)拷貝數(shù)而已。在計(jì)算多樣性的時(shí)候分子分母會(huì)除掉，沒有什么實(shí)際意義。 |
4樓2013-12-04 10:48:42
lemian
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5樓2013-12-04 12:59:43
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