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xiaoke413至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
關(guān)于水分子模型的問題 已有2人參與
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| 各位蟲友,小弟做了一個(gè)分子模擬體系,其中含有水分子,我用的是COMPASS力場(chǎng),于是查看體系中水分子發(fā)現(xiàn)SPC模型,于是在寫的文章上提到了SPC模型用于水分子,有個(gè)審稿人問到SPC模型精度較低,讓我證明該模型在我的體系中的正確性。請(qǐng)問各位蟲友,我該怎么去向?qū)徃迦私忉尠?該如何去證明? |
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有幾個(gè)建議: 1、查找與你體系相似并用了SPC的文獻(xiàn),這樣就可以證明了 2、模擬結(jié)果與其他文獻(xiàn)對(duì)比,雖然模型和力場(chǎng)不完全一樣,但是結(jié)果得到了相似的規(guī)律,這樣也可以證明 3、目測(cè)該編輯并不太懂你做的東西,沒問題找問題,隨便找個(gè)應(yīng)付他的理由就可以或者改投,因?yàn)槠渌庉嬁赡懿粫?huì)問這個(gè)問題,但也可能有新的棘手問題哦 |

木蟲 (正式寫手)
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這就要看你模擬的體系水分子起的作用重不重要了 我沒有用過COMPASS力場(chǎng),不過COMPASS號(hào)稱第二代力場(chǎng),有著及其復(fù)雜的勢(shì)函數(shù),號(hào)稱精確度極高,而SPC只是一個(gè)非常簡(jiǎn)單的水模型,不考慮氫原子的范德華力,也不考慮OH鍵的振動(dòng),如果在你的體系中,水分子起的作用很重要的話,用SPC力場(chǎng)的確是不合理的,并且體系的精確度會(huì)下降到GROMOS,AMBER力場(chǎng)的程度。 當(dāng)然,如果溶劑作用不重要,你就告訴審稿人不重要就行了。。。 如果很重要,建議你用其他力場(chǎng)重復(fù)你的部分模擬,并且與你現(xiàn)有的模擬結(jié)果相比較,得到相同的結(jié)果,于是就可以總結(jié):由于SPC力場(chǎng)較簡(jiǎn)單,并且能得到同樣精確的結(jié)果。。所以在本文中采用SPC力場(chǎng)。。。 |
金蟲 (小有名氣)
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