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xiaoke413至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
關(guān)于水分子模型的問題 已有2人參與
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| 各位蟲友，小弟做了一個分子模擬體系，其中含有水分子，我用的是COMPASS力場，于是查看體系中水分子發(fā)現(xiàn)SPC模型，于是在寫的文章上提到了SPC模型用于水分子，有個審稿人問到SPC模型精度較低，讓我證明該模型在我的體系中的正確性。請問各位蟲友，我該怎么去向?qū)徃迦私忉尠。吭撊绾稳プC明？ |
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Sophiezx45
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4樓2015-04-09 09:59:37
【答案】應(yīng)助回帖
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有幾個建議： 1、查找與你體系相似并用了SPC的文獻(xiàn)，這樣就可以證明了 2、模擬結(jié)果與其他文獻(xiàn)對比，雖然模型和力場不完全一樣，但是結(jié)果得到了相似的規(guī)律，這樣也可以證明 3、目測該編輯并不太懂你做的東西，沒問題找問題，隨便找個應(yīng)付他的理由就可以或者改投，因?yàn)槠渌庉嬁赡懿粫䥺栠@個問題，但也可能有新的棘手問題哦 |
2樓2014-01-03 17:09:56
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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這就要看你模擬的體系水分子起的作用重不重要了 我沒有用過COMPASS力場，不過COMPASS號稱第二代力場，有著及其復(fù)雜的勢函數(shù)，號稱精確度極高，而SPC只是一個非常簡單的水模型，不考慮氫原子的范德華力，也不考慮OH鍵的振動，如果在你的體系中，水分子起的作用很重要的話，用SPC力場的確是不合理的，并且體系的精確度會下降到GROMOS，AMBER力場的程度。 當(dāng)然，如果溶劑作用不重要，你就告訴審稿人不重要就行了。。。 如果很重要，建議你用其他力場重復(fù)你的部分模擬，并且與你現(xiàn)有的模擬結(jié)果相比較，得到相同的結(jié)果，于是就可以總結(jié)：由于SPC力場較簡單，并且能得到同樣精確的結(jié)果。。所以在本文中采用SPC力場。。。 |
3樓2014-01-03 21:18:00
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5樓2020-12-22 10:21:05
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