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hc42

木蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 怎樣設(shè)計(jì)與其他基因同源性較高的目的基因的特異性引物？已有2人參與

本人想擴(kuò)某個(gè)基因的特異性引物，這個(gè)基因進(jìn)行blast后與其他2-3個(gè)基因在中間近500bp的區(qū)域同源性達(dá)到了85%-90%，只有開(kāi)始30個(gè)bp，和后面近230bp的區(qū)域是獨(dú)有的，請(qǐng)問(wèn)我設(shè)計(jì)特異性引物是不是只能在這230bp當(dāng)中設(shè)計(jì)呢（后續(xù)要做熒光）？我已設(shè)計(jì)了兩對(duì)但都跑出來(lái)都有雜帶，求教各位大神我現(xiàn)在該怎么設(shè)計(jì)呢？中間同源性高的區(qū)域我是不是只能避免呢？

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1樓 2014-01-06 17:03:21

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shiliyusly

新蟲(chóng) (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

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hc42: 金幣+8, ★有幫助 2014-02-25 09:54:25

建議可以先不管同源區(qū)域，設(shè)計(jì)幾對(duì)質(zhì)量較高的引物，做普通PCR拿去測(cè)序驗(yàn)證。不一定P出來(lái)的就是其他物種的基因

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2樓2014-01-06 18:55:44

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asr

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2014-01-07 08:46:31
hc42: 金幣+2, ★有幫助 2014-02-25 09:54:33

盡量避開(kāi)同源區(qū)。如果序列一樣的話(huà)，肯定能擴(kuò)出來(lái)了。

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思想極度邪惡，勿怕勿怪！\(^o^)/~

3樓2014-01-06 19:58:57

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