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[求助] 關(guān)于一對引物同時(shí)擴(kuò)增多個(gè)不同基因的問題已有1人參與

請教大家誰知道怎么設(shè)計(jì)一對引物同時(shí)去擴(kuò)增多個(gè)不同基因呀，這多個(gè)基因是來自于同一基因組DNA的，引物特異性不用很好，只要擴(kuò)增的目的片段里面有這幾個(gè)基因的片段就可以，求助呀，請問大家誰知道這個(gè)引物要去怎么設(shè)計(jì)，需要什么軟件嗎？謝謝啦！

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【求助/交流】怎樣設(shè)計(jì)目的基因的引物已經(jīng)有8人回復(fù)

1樓 2013-12-29 19:25:21

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這個(gè)好辦，你先把幾個(gè)片段同源比對一下，找一樣的區(qū)域，根據(jù)一樣的區(qū)域設(shè)計(jì)引物，最好多設(shè)計(jì)幾對PP看

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星陳代謝

2樓2013-12-30 08:27:13

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2樓: Originally posted by kx444555 at 2013-12-30 08:27:13
這個(gè)好辦，你先把幾個(gè)片段同源比對一下，找一樣的區(qū)域，根據(jù)一樣的區(qū)域設(shè)計(jì)引物，最好多設(shè)計(jì)幾對PP看

謝謝您的回復(fù)，我比對了，同源性非常低，忙活了一天，只找到了上游能完全和這五個(gè)基因配對的5個(gè)堿基

。我是先在DNAMAN里比對這5個(gè)基因，幾乎沒有能連上的相同的堿基。您說把這5個(gè)能配對的堿基放到3‘端，在5’端多加幾個(gè)簡并堿基行嗎？還有一個(gè)問題就是引物只有10bp左右，退火溫度特別低怎么辦？

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3樓2013-12-30 15:29:17

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【答案】應(yīng)助回帖

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gyesang: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2013-12-31 14:16:51

引用回帖:

3樓: Originally posted by xin641685388 at 2013-12-30 15:29:17
謝謝您的回復(fù)，我比對了，同源性非常低，忙活了一天，只找到了上游能完全和這五個(gè)基因配對的5個(gè)堿基

。我是先在DNAMAN里比對這5個(gè)基因，幾乎沒有能連上的相同的堿基。您說把這5個(gè)能配對的堿基放到3‘端，在5’ ...

上游有配對的基因，下游沒有也擴(kuò)增不出，如果用DNAMAN 比的話，估計(jì)不準(zhǔn)，DNAMAN是依照最大同源性的原則去比對的，有些局部區(qū)域有同源的顯示不出來，你可以兩條序列比一下，找同源區(qū)，然后看看同源區(qū)在其他基因有沒有，5端肯定要加上簡并堿基的，引物最好能到18BP，退火溫度在55度以上，

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4樓2013-12-31 09:24:47

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4樓: Originally posted by kx444555 at 2013-12-31 09:24:47
上游有配對的基因，下游沒有也擴(kuò)增不出，如果用DNAMAN 比的話，估計(jì)不準(zhǔn)，DNAMAN是依照最大同源性的原則去比對的，有些局部區(qū)域有同源的顯示不出來，你可以兩條序列比一下，找同源區(qū)，然后看看同源區(qū)在其他基因有沒 ...

上下游我各找了3‘端5個(gè)堿基完全配對的引物，我打算5’端再加6、7個(gè)簡并堿基，引物如果到18bp話那5‘端得13個(gè)簡并堿基，這樣可以嗎？因?yàn)槲业臄U(kuò)增不要求特異性很好，所以11、2個(gè)堿基是不是就行了？

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5樓2013-12-31 13:31:34

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xin641685388: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-01-02 09:53:04

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6樓2014-01-02 08:32:18

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退火溫度高的也不一定都是好的，英文文獻(xiàn)中的引物說是59度，可國內(nèi)做出來只48度，也可以的，不過我在試，你可以設(shè)計(jì)兩條，將你的序列分成兩部分，設(shè)計(jì)成引物16bp左右就差不多了

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不經(jīng)一番寒徹骨，怎得梅花撲鼻香？為科學(xué)進(jìn)步不懈努力

7樓2014-01-05 22:10:29

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7樓: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 22:10:29
退火溫度高的也不一定都是好的，英文文獻(xiàn)中的引物說是59度，可國內(nèi)做出來只48度，也可以的，不過我在試，你可以設(shè)計(jì)兩條，將你的序列分成兩部分，設(shè)計(jì)成引物16bp左右就差不多了

可是現(xiàn)在關(guān)鍵是這5個(gè)基因一比對基本沒有什么同源性，我設(shè)計(jì)了三對不同長度的（7bp/10bp/12bp）的簡并引物，這些引物都是3‘端的5個(gè)堿基能夠和這5個(gè)基因互補(bǔ)配對，5’端分別加了2/5/7個(gè)簡并堿基，設(shè)計(jì)完后Tm值太低了，只有2、30℃，如果再加長簡并堿基的個(gè)數(shù)就太多了，怎么辦呀，求助呀。

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8樓2014-01-07 15:52:23

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6樓: Originally posted by kx444555 at 2014-01-02 08:32:18
只要你能達(dá)到退火溫度50度以上，估計(jì)問題也不大，...

我設(shè)計(jì)了三對不同長度的（7bp/10bp/12bp）的簡并引物，這些引物都是3‘端的5個(gè)堿基能夠和這5個(gè)基因互補(bǔ)配對，5’端分別加了2/5/7個(gè)簡并堿基，設(shè)計(jì)完后Tm值太低了，只有2、30℃，如果再加長簡并堿基的個(gè)數(shù)就太多了，怎么辦呀，求助呀。

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9樓2014-01-07 16:11:04

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10樓2014-01-08 08:48:06

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