 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1516 | 回復(fù): 2 | ||
[求助]
【新人求教】結(jié)構(gòu)優(yōu)化使用分子力場方法是否合適？ 已有2人參與
|
|
本行是有機，最近剛剛接觸計算，計算的都是小分子的芳香共軛分子。 在使用gaussian的時候，我一般是把結(jié)構(gòu)優(yōu)化好的.gjf文件載入程序。 稍微查閱了一下相關(guān)資料，別人貌似都是用RHF或者B3LYP之類的方法對結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，但是我自己用的方法都是用gaussview的clean功能找到分子的最高對稱性構(gòu)型，然后用Chem3d的MM2做分子力場方法的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。 我自己的考慮是使用半經(jīng)驗方法得到的幾何結(jié)構(gòu)應(yīng)該要比從頭算精確，尤其對只含C,H,O,N之類輕原子的小分子體系來說。 我的這種想法是否正確呢？方法上是否有需要改進(jìn)的呢？ 希望各位大神不吝賜教！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求助立方晶體In(OH)3的CIF卡片
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
CSC訪學(xué)博后項目獲批，外方學(xué)校暫停合作該怎么辦？
已經(jīng)有51人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有68人回復(fù)
-
[電子教材]天津大學(xué)物理化學(xué)（第七版）上、下冊
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
陰離子交換膜電解二氧化碳還原
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
分子動力學(xué)模擬合作需求
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
九江學(xué)院2026年最新高層次人才招聘公告
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
深圳信息職業(yè)技術(shù)學(xué)院2026年教師招聘公告（最新）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
研究生招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
山西大學(xué)資源與環(huán)境工程研究所化工分離/環(huán)境功能材料小組招收2026年博士生
已經(jīng)有2人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 優(yōu)化含Cu，Ag，Au的分子用什么方法比較好
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 經(jīng)典分子動力學(xué)力場、勢函數(shù)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 怎么利用chembio3D優(yōu)化自己畫的配體分子，求詳細(xì)步驟
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 使用amber力場，一些參數(shù)無法獲得
已經(jīng)有5人回復(fù)
- MS中sorption模塊使用自定義力場出現(xiàn)的問題
已經(jīng)有26人回復(fù)
- 離子液體模擬：如何從別的軟件移植力場到Gromacs（itp文件的含義以及如何寫itp文件）
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 使用COMPASS 力場的同學(xué)請注意
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 聚合物鏈建晶胞時，Amorphous Cell模塊沒法用，求解釋
已經(jīng)有9人回復(fù)
- ATP分子力場參數(shù)怎么做
已經(jīng)有4人回復(fù)
- ds中的分子優(yōu)化
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何計算下面幾個有機小分子的大小？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教關(guān)于materials studio建模和OPLS力場
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 高斯對多分子體系的構(gòu)型優(yōu)化
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】用Amber+Gaussian做小分子力場
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】materials studio 軟件中高分子材料模擬的力場選擇
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】分子對接軟件到底哪個好？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【討論】結(jié)構(gòu)用opt優(yōu)化不了，而用opt=z-matrix卻能優(yōu)化
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】MS的Amorphous cell使用出問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
本人已永久離開小木蟲
- QC強帖: 17
- 應(yīng)助: 226 (大學(xué)生)
- 貴賓: 5.4
- 金幣: 2180.5
- 紅花: 217
- 帖子: 1241
- 在線: 366.8小時
- 蟲號: 281271
- 注冊: 2006-09-23
- 專業(yè): 宇宙學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2014-02-08 14:26:33
hicainiao: 金幣+30, ★★★★★最佳答案, 謝謝sob大大！太有用了 2014-02-09 11:42:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2014-02-08 14:26:33
hicainiao: 金幣+30, ★★★★★最佳答案, 謝謝sob大大！太有用了 2014-02-09 11:42:00
|
即便是CHNO的體系，較好的半經(jīng)驗方法（如PM6）至多也只比HF這種意義的從頭算優(yōu)化的結(jié)構(gòu)更準(zhǔn)確，比起較好的GGA級別的DFT的結(jié)構(gòu)更準(zhǔn)確一般都是不可能的，就算更準(zhǔn)確也只是巧合，尤其是可靠性遠(yuǎn)不及從頭算（諸如有一次用PM7優(yōu)化磷脂，居然把尾巴上的雙鍵的平面優(yōu)化成扭曲的） chem3D的MMFF94比MM2要強，不建議用MM2。MMFF94優(yōu)化出的結(jié)構(gòu)算是不錯的，如果要求更準(zhǔn)確，可以以其作為初始結(jié)構(gòu)再用諸如M06-2X/6-31G**或更高級別優(yōu)化進(jìn)一步結(jié)構(gòu)。 |
2樓2014-02-08 13:13:38
gengle
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 31 (小學(xué)生)
- 金幣: 2168.2
- 散金: 44
- 紅花: 14
- 帖子: 1257
- 在線: 296.6小時
- 蟲號: 154256
- 注冊: 2006-01-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+3 2014-02-09 09:51:31
hicainiao: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 太感謝啦�。。。。。。。。。。。。�！ 2014-02-09 11:42:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+3 2014-02-09 09:51:31
hicainiao: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 太感謝啦�。。。。。。。。。。。。�！ 2014-02-09 11:42:20
|
Sob說的已經(jīng)比較清楚了。 我現(xiàn)在將我的做法說一下吧，我只是用GV 和chemdraw/3D用來建模，對結(jié)構(gòu)不太把握的時候可以用3D/MM2來大概的優(yōu)化出結(jié)構(gòu)（個人認(rèn)為這個優(yōu)化結(jié)果的可信度不高），然后再放到Gaussian里面去優(yōu)化。 當(dāng)然有時也會發(fā)現(xiàn)MM2尋找的最小點結(jié)構(gòu)與實際情況相差太遠(yuǎn)，尤其是研究弱相互作用的時候，MM2結(jié)果是不可信的。 另外，LZ也提到了相關(guān)文獻(xiàn)上利用HF和B3LYP進(jìn)行優(yōu)化，建議LZ也這樣做，并將相關(guān)文獻(xiàn)引上。既然你做的是小分子，我建議你不要用HF方法，可以用Sob提到的方法與基組或者文獻(xiàn)中的B3LYP方法，基組參考最新文獻(xiàn)。個人更推薦Sob提到的基組與方法。 |
3樓2014-02-08 21:05:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 hicainiao 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計算機技術(shù) +4 | solanXXX 2026-03-20 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 +9 | Ncdx123456 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5 | sbdksD 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑 +5 | tcxiaoxx 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿南京航空航天大學(xué)289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 廣西大學(xué)家禽遺傳育種課題組2026年碩士招生（接收計算機專業(yè)調(diào)劑） +3 | 123阿標(biāo) 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +4 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +5 | share_joy 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 26博士申請 +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4 | 張vvvv 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|