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【新人求教】結(jié)構(gòu)優(yōu)化使用分子力場(chǎng)方法是否合適？ 已有2人參與
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本行是有機(jī)，最近剛剛接觸計(jì)算，計(jì)算的都是小分子的芳香共軛分子。 在使用gaussian的時(shí)候，我一般是把結(jié)構(gòu)優(yōu)化好的.gjf文件載入程序。 稍微查閱了一下相關(guān)資料，別人貌似都是用RHF或者B3LYP之類的方法對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，但是我自己用的方法都是用gaussview的clean功能找到分子的最高對(duì)稱性構(gòu)型，然后用Chem3d的MM2做分子力場(chǎng)方法的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。 我自己的考慮是使用半經(jīng)驗(yàn)方法得到的幾何結(jié)構(gòu)應(yīng)該要比從頭算精確，尤其對(duì)只含C,H,O,N之類輕原子的小分子體系來(lái)說(shuō)。 我的這種想法是否正確呢？方法上是否有需要改進(jìn)的呢？ 希望各位大神不吝賜教！ |
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sobereva
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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即便是CHNO的體系，較好的半經(jīng)驗(yàn)方法（如PM6）至多也只比HF這種意義的從頭算優(yōu)化的結(jié)構(gòu)更準(zhǔn)確，比起較好的GGA級(jí)別的DFT的結(jié)構(gòu)更準(zhǔn)確一般都是不可能的，就算更準(zhǔn)確也只是巧合，尤其是可靠性遠(yuǎn)不及從頭算（諸如有一次用PM7優(yōu)化磷脂，居然把尾巴上的雙鍵的平面優(yōu)化成扭曲的） chem3D的MMFF94比MM2要強(qiáng)，不建議用MM2。MMFF94優(yōu)化出的結(jié)構(gòu)算是不錯(cuò)的，如果要求更準(zhǔn)確，可以以其作為初始結(jié)構(gòu)再用諸如M06-2X/6-31G**或更高級(jí)別優(yōu)化進(jìn)一步結(jié)構(gòu)。 |
2樓2014-02-08 13:13:38
gengle
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Sob說(shuō)的已經(jīng)比較清楚了。 我現(xiàn)在將我的做法說(shuō)一下吧，我只是用GV 和chemdraw/3D用來(lái)建模，對(duì)結(jié)構(gòu)不太把握的時(shí)候可以用3D/MM2來(lái)大概的優(yōu)化出結(jié)構(gòu)（個(gè)人認(rèn)為這個(gè)優(yōu)化結(jié)果的可信度不高），然后再放到Gaussian里面去優(yōu)化。 當(dāng)然有時(shí)也會(huì)發(fā)現(xiàn)MM2尋找的最小點(diǎn)結(jié)構(gòu)與實(shí)際情況相差太遠(yuǎn)，尤其是研究弱相互作用的時(shí)候，MM2結(jié)果是不可信的。 另外，LZ也提到了相關(guān)文獻(xiàn)上利用HF和B3LYP進(jìn)行優(yōu)化，建議LZ也這樣做，并將相關(guān)文獻(xiàn)引上。既然你做的是小分子，我建議你不要用HF方法，可以用Sob提到的方法與基組或者文獻(xiàn)中的B3LYP方法，基組參考最新文獻(xiàn)。個(gè)人更推薦Sob提到的基組與方法。 |
3樓2014-02-08 21:05:12
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