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autodockytu
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[求助]
Autodock 中 小分子處理后出現(xiàn)斷裂情況 已有2人參與
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將小分子加氫、計(jì)算電荷處理后，保存成pdbqt文件后，小分子出現(xiàn)斷裂 如圖：請高手指點(diǎn) 無標(biāo)題.png |
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lamda
木蟲 (著名寫手)
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2樓2014-02-14 17:33:03
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝耐心指導(dǎo) 2014-02-16 07:51:55
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斷裂是不可能的，最可能的是你的結(jié)構(gòu)沒有準(zhǔn)備好。 出現(xiàn)的原因是：AutoDock輸出的是pdbqt，這個(gè)文件里沒有原子之間的鍵的信息。換句話來說，pdbqt是PDB的改版，“鍵”是通過原子之間的距離來定義，你的軟件讀入這個(gè)文件后，認(rèn)為那個(gè)藍(lán)色的原子與周圍原子之間的距離大于成鍵的距離，所以就沒有鍵出現(xiàn)，不是斷裂了。 如果避免：對接計(jì)算前對分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行minimization操作，確保分子的鍵長與鍵角處于標(biāo)準(zhǔn)狀態(tài)，這樣任何軟件都不會出現(xiàn)“沒有鍵”的情況。目前的分子對接軟件在對接計(jì)算的時(shí)候，是不會改變鍵長與鍵角的，所以初始的鍵長鍵角決定了結(jié)果的鍵長與鍵角。同時(shí)，因?yàn)椴徽_的鍵長、鍵角會給出錯(cuò)誤的分子能量，并致使不正確的打分。 所以，建議樓主仔細(xì)準(zhǔn)備你的化合物結(jié)構(gòu)。 |
3樓2014-02-16 01:02:15
大鳥123
新蟲 (著名寫手)
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4樓2017-10-25 12:59:07
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