 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1662 | 回復(fù): 3 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
autodockytu
|
[求助]
Autodock 中 小分子處理后出現(xiàn)斷裂情況 已有2人參與
|
||
|
將小分子加氫、計算電荷處理后，保存成pdbqt文件后，小分子出現(xiàn)斷裂 如圖：請高手指點 無標題.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
調(diào)劑求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
22408 266求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
266分，一志愿電氣工程，本科材料，求材料專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
279求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿華南師范大學(xué)-22408計算機-292分-求華南師范大學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料與化工306分找調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
環(huán)境工程297分求調(diào)劑一志愿杭高院
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
296材料專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Autodock對接構(gòu)象準確性的評價——RMSD
已經(jīng)有10人回復(fù)
- AutoDock怎么分析大分子與小分子之間的結(jié)合能
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請教關(guān)于AUTODOCK做虛i擬篩選的問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- AutoDock大分子問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 用autodock對接，用什么軟件定點突變蛋白質(zhì)
已經(jīng)有14人回復(fù)
- autodock對接時蛋白的處理問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Autodock中受體的準備
已經(jīng)有14人回復(fù)
- autodock的安裝
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 用autodock做對接，box設(shè)置無法包括受體活性區(qū)域和配體
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Autodock在Ubuntu下的安裝問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Autodock的操作流程---win下
已經(jīng)有565人回復(fù)
- Autodock時 gridbox的參數(shù)怎么設(shè)置??
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 用AutoDock作分子對接前的小分子能量最小化問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【討論】弱弱的問一句，為什么ubuntu不適合做autodock的操作系統(tǒng)
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】autodock4 安裝問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】autodock中PDB轉(zhuǎn)pdbqt格式問題？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【其他】autodock 保存文件
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助】求助：怎樣將Autodock做出來的對接圖保存成pdb格式？謝謝
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于Autodock中Grid中的問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】AutoDock使用筆記總結(jié)－原創(chuàng)始發(fā)
已經(jīng)有32人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍: 金幣+3, 感謝耐心指導(dǎo) 2014-02-16 07:51:55
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍: 金幣+3, 感謝耐心指導(dǎo) 2014-02-16 07:51:55
|
斷裂是不可能的，最可能的是你的結(jié)構(gòu)沒有準備好。 出現(xiàn)的原因是：AutoDock輸出的是pdbqt，這個文件里沒有原子之間的鍵的信息。換句話來說，pdbqt是PDB的改版，“鍵”是通過原子之間的距離來定義，你的軟件讀入這個文件后，認為那個藍色的原子與周圍原子之間的距離大于成鍵的距離，所以就沒有鍵出現(xiàn)，不是斷裂了。 如果避免：對接計算前對分子結(jié)構(gòu)進行minimization操作，確保分子的鍵長與鍵角處于標準狀態(tài)，這樣任何軟件都不會出現(xiàn)“沒有鍵”的情況。目前的分子對接軟件在對接計算的時候，是不會改變鍵長與鍵角的，所以初始的鍵長鍵角決定了結(jié)果的鍵長與鍵角。同時，因為不正確的鍵長、鍵角會給出錯誤的分子能量，并致使不正確的打分。 所以，建議樓主仔細準備你的化合物結(jié)構(gòu)。 |
3樓2014-02-16 01:02:15
lamda
木蟲 (著名寫手)
笨鳥先飛
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 10 (幼兒園)
- 金幣: 6829.4
- 散金: 400
- 紅花: 1
- 帖子: 1256
- 在線: 183小時
- 蟲號: 416479
- 注冊: 2007-06-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2014-02-14 17:33:03
大鳥123
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 7778.1
- 散金: 553
- 紅花: 1
- 帖子: 1455
- 在線: 118.2小時
- 蟲號: 3299919
- 注冊: 2014-06-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 化學(xué)生物學(xué)與生物有機化學(xué)
4樓2017-10-25 12:59:07
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 413求調(diào)劑 +3 | 柯某某 2026-03-31 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +5 | AZMK 2026-04-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085801 總分275 本科新能源 求調(diào)劑 +16 | bradoner 2026-04-01 | 20/1000 |
|
|
[考研] 一志愿北京科技大學(xué)材料學(xué)碩328分求調(diào)劑 +6 | 1段時間 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 理學(xué)07化學(xué) 303求調(diào)劑 +16 | 睿08 2026-03-27 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +15 | 勒布朗@ 2026-03-31 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | 想上學(xué)求調(diào) 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600 一志愿9 總分351 求調(diào)劑學(xué)校 +7 | czhcz 2026-03-31 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程339求調(diào)劑 +11 | hyz0119 2026-03-31 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學(xué)上就行 +25 | lllllos 2026-03-30 | 26/1300 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +12 | liziyeyeye 2026-03-28 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 335求調(diào)劑 +3 | 321* 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 352分-085602-一志愿985 +6 | 海納百川Ly 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科學(xué)與工程，求調(diào)劑 +9 | 升升不降 2026-03-31 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求收留 +8 | 1943443204 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +3 | 呼吸都是減肥 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297 地理學(xué)070500 復(fù)試求調(diào)劑 +3 | 小圓圈圈ooo 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 末未mm 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 071010 323 分求調(diào)劑 +3 | Baekzhy 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|