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暗夜懶貓

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[求助] 細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 已有3人參與

敢問(wèn)給位高手，誰(shuí)會(huì)做細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)��？想問(wèn)一下，就是我篩出來(lái)20株菌，單個(gè)菌做樹(shù)會(huì)，但是想把他們放在一起做個(gè)聚類圖，具體怎么做呢？還用找標(biāo)準(zhǔn)菌株嗎？找多少株呢？
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1樓 2014-02-21 17:45:50

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暗夜懶貓

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3樓: Originally posted by dllchina at 2014-02-23 01:15:03
舉個(gè)例子，如果都是一個(gè)目的，選取同一綱下典型目的典型種作為參比，不清楚你要做的聚類分析是要放在文章中，還是只是看看系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系

上傳了個(gè)圖，就和這個(gè)圖一樣，M3、M5等是自己篩出來(lái)的菌，把它和標(biāo)準(zhǔn)菌放在一起作圖。
是不是就是把自己篩得菌的序列和選取的標(biāo)準(zhǔn)菌序列放在一起，然后把所有序列截成一樣長(zhǎng)，然后再按步驟做樹(shù)嗎？

圖.jpg

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4樓2014-02-25 21:25:09

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zhaozhibozhi

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看你的目的了。如果想知道這些菌的分類地位，標(biāo)準(zhǔn)菌株是必需的，一般需要相似種和（或）臨近屬的參考序列。如果看這些菌株的差異，就可以不用標(biāo)菌株了。

多個(gè)菌和一個(gè)菌的做法是一樣的。

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做一個(gè)陽(yáng)光、開(kāi)朗的小和尚

2樓2014-02-22 19:18:27

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dllchina

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【答案】應(yīng)助回帖

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暗夜懶貓: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-03-01 20:16:01

舉個(gè)例子，如果都是一個(gè)目的，選取同一綱下典型目的典型種作為參比，不清楚你要做的聚類分析是要放在文章中，還是只是看看系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系

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3樓2014-02-23 01:15:03

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dllchina

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4樓: Originally posted by 暗夜懶貓 at 2014-02-25 21:25:09
上傳了個(gè)圖，就和這個(gè)圖一樣，M3、M5等是自己篩出來(lái)的菌，把它和標(biāo)準(zhǔn)菌放在一起作圖。
是不是就是把自己篩得菌的序列和選取的標(biāo)準(zhǔn)菌序列放在一起，然后把所有序列截成一樣長(zhǎng)，然后再按步驟做樹(shù)嗎？

圖.jpg
...

我看你的圖有些別扭，但是從位置上看和艾希氏菌屬比較近，如果有伯杰氏手冊(cè)在，可以在里面找到屬級(jí)以上的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，便于你選取比對(duì)的序列。如果沒(méi)有，試著多調(diào)取一些同科的序列，或者同目下其他科的幾個(gè)序列即可。方法就是用clust_x比對(duì)后，掐頭去尾（也就是你說(shuō)的截成一樣長(zhǎng)度），再用mega構(gòu)建分子系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

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5樓2014-02-25 21:31:55

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