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[求助]
如何能在優(yōu)化后得到這樣一個分子模型 已有1人參與
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這是我畫出的初始構型，但一經(jīng)優(yōu)化就閉環(huán)了 VD9[9EW98O@(`4SKUIT}0@3.jpg |
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趙文華110: 回帖置頂 2014-03-06 16:36:32
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這是一個氧化石墨經(jīng)還原過后的結構，想要得到一個有缺陷的分子，即石墨環(huán)被破壞，中間缺失一個碳，形成缺陷，希望優(yōu)化后的結構和初始設計想象。這是輸入文件%nprocshared=8 %chk=308.chk # opt hf/6-31g geom=connectivity Title Card Required 0 1 C -2.75662176 -1.42112108 -0.00044900 C -1.79784846 -2.43145733 -0.00044900 C -0.43357067 -2.11349205 -0.00044900 C -1.02253818 0.27262550 -0.00038100 C -2.37803562 -0.08064431 -0.00048400 C 0.58753463 -3.12837833 -0.00038400 C 1.35267240 -0.40693108 -0.00019200 C 2.33627079 -1.42988361 -0.00015700 C 1.90461298 -2.80331458 -0.00029500 C 3.69184318 -1.07658817 0.00000000 H 4.45849192 -1.86577353 -0.00003200 C 4.07039509 0.26382442 0.00015100 C 3.11157568 1.27420926 0.00017800 C 1.74735889 0.95625088 -0.00003000 C 0.72619748 1.97112801 -0.00024000 C -0.59086376 1.64606948 -0.00039500 H -1.36879444 2.42508220 -0.00091800 H 1.05226322 3.02266206 -0.00015800 H 0.26133205 -4.17984371 -0.00068000 H -3.82504496 -1.68475874 -0.00071200 H -2.10929247 -3.48668748 -0.00054300 H -3.14464173 0.70854842 -0.00086400 H 2.68245151 -3.58238855 -0.00058200 H 5.13881521 0.52758736 0.00012600 H 3.42312571 2.32943663 0.00019600 1 2 1.5 5 1.5 20 1.0 2 3 2.0 21 1.0 3 6 1.5 4 5 2.0 16 1.5 5 22 1.0 6 9 2.0 19 1.0 7 8 2.0 14 2.0 8 9 1.0 10 1.0 9 23 1.0 10 11 1.0 12 1.5 11 12 13 1.5 24 1.0 13 14 1.0 25 1.0 14 15 1.0 15 16 2.0 18 1.0 16 17 1.0 17 18 19 20 21 22 23 24 25 但優(yōu)化后的構型為 )ESCH9P[D(I`YGZ7))O6RY0.jpg |
2樓2014-03-05 20:52:59
hdb6522
銅蟲 (小有名氣)
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