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[求助] mega做出來的系統(tǒng)發(fā)育樹如下，求助是什么問題已有2人參與

先聲明本人是maga新手用戶- -，公司測序回來的結(jié)果先在NCBI上比對了，然后選了幾種相似度比較大的菌株，把序列下下來在mega上做比對，結(jié)果如下，mega軟件是按照下面的教程用的，求指教~

系統(tǒng)發(fā)育樹.jpg

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附件 1 : MEGA軟件——系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法.pdf

2014-03-17 20:46:35, 1.74 M

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1樓 2014-03-17 20:47:09

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dllchina

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cyta201: 金幣+8, ★★★★★最佳答案 2014-03-22 18:25:31

確實是新手，是mega，不是maga,一般穩(wěn)定的進化樹用的是16S全長來構(gòu)建的，你這置信值太低了，建議調(diào)取臨近屬的序列再畫，芽孢桿菌屬屬調(diào)取相似度最高的即可

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2樓2014-03-17 23:19:28

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cyta201

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2樓: Originally posted by dllchina at 2014-03-17 23:19:28
確實是新手，是mega，不是maga,一般穩(wěn)定的進化樹用的是16S全長來構(gòu)建的，你這置信值太低了，建議調(diào)取臨近屬的序列再畫，芽孢桿菌屬屬調(diào)取相似度最高的即可

謝謝dllchina的回復，maga是打錯了，囧，從來沒做過這個，同實驗室的也沒有會做的，公司測序回來的只有2700左右的堿基沒有全長，和臨近屬的比對？和芽孢乳桿菌屬、梭菌屬、脫硫腸狀菌屬比對？

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3樓2014-03-18 16:39:17

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dllchina

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3樓: Originally posted by cyta201 at 2014-03-18 16:39:17
謝謝dllchina的回復，maga是打錯了，囧，從來沒做過這個，同實驗室的也沒有會做的，公司測序回來的只有2700左右的堿基沒有全長，和臨近屬的比對？和芽孢乳桿菌屬、梭菌屬、脫硫腸狀菌屬比對？...

2700bp,你是測的什么啊，不是16S么？細菌16S全長也就1500多啊。。。我剛發(fā)布了一個畫樹的帖子，你去瞅瞅吧

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4樓2014-03-18 20:19:46

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4樓: Originally posted by dllchina at 2014-03-18 20:19:46
2700bp,你是測的什么啊，不是16S么？細菌16S全長也就1500多啊。。。我剛發(fā)布了一個畫樹的帖子，你去瞅瞅吧...

是1400多個，被這東西搞的混亂了，分子知識需要補補額，謝謝

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5樓2014-03-20 13:07:59

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建議建樹的時候至少找個外群吧，再把50以下的分支合并處理

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6樓2014-03-20 14:20:38

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我做出來的結(jié)果跟你的一樣，請問你后來是怎么弄得

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7樓2015-02-08 12:05:16

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