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轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測位點(diǎn)序列方向的問題 已有1人參與
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大家好，我生化學(xué)得不好，這里有兩個(gè)疑問？向大家請教。 1.我通過檢索得到了一個(gè)基因的上游2000個(gè)bp的序列（5端到3端），然后通過軟件預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，比如說是ATGCCT(應(yīng)該是5端到3端），那么這個(gè)序列里也含有ATGCCT (5端到3端）的反向序列(非互補(bǔ)）TCCGTA(5端到3端），那么轉(zhuǎn)錄因子依然會(huì)結(jié)合這個(gè)位點(diǎn)嗎？，如果會(huì)結(jié)合的話，轉(zhuǎn)錄方向是不是會(huì)相反？ 2.因?yàn)檗D(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)所指的序列ATGCCT 應(yīng)該是編碼鏈的序列吧？如果模板鏈3端（也就是編碼鏈的5端）也含有序列也是ATGCCT（5端到3端）,那么啟動(dòng)子依然會(huì)識別嗎？與上述第一個(gè)問題一樣，模板鏈若也存在反向序列(非互補(bǔ)）TCCGTA(5端到3端），那么轉(zhuǎn)錄方向會(huì)相反嗎？ 求高手解答，謝謝！  |
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biostar2009
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-03-27 15:14:48
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-03-27 15:14:48
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你的問題很有代表性 不管是原核還是真核轉(zhuǎn)錄，都需要一堆蛋白，其中的DNA結(jié)合蛋白占有關(guān)鍵作用。 DNA結(jié)合蛋白，識別的是雙鏈DNA，結(jié)合位點(diǎn)往往在DNA雙螺旋的大溝和小溝，也就是說，雖然人們習(xí)慣性的說某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合例如ATCGATCG，其實(shí)人家真正識別是的 5‘-ATCGATCG-3’ 3-TAGCTAGC-5‘ 這樣一個(gè)DNA雙螺旋。 至于轉(zhuǎn)錄方向，并非這些轉(zhuǎn)錄因子能夠決定的，而是決定于RNA聚合酶，但是RNA聚合酶往往又需要這些轉(zhuǎn)錄因子的幫助，才能結(jié)合到DNA上，所以到底往哪邊走，是一群蛋白共同操縱RNA聚合酶的結(jié)果。 |
2樓2014-03-26 21:55:41
3樓2014-03-27 17:30:21
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