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[交流]
轉錄因子預測位點序列方向的問題 已有1人參與
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大家好,我生化學得不好,這里有兩個疑問?向大家請教。 1.我通過檢索得到了一個基因的上游2000個bp的序列(5端到3端),然后通過軟件預測轉錄因子的結合位點,比如說是ATGCCT(應該是5端到3端),那么這個序列里也含有ATGCCT (5端到3端)的反向序列(非互補)TCCGTA(5端到3端),那么轉錄因子依然會結合這個位點嗎?,如果會結合的話,轉錄方向是不是會相反? 2.因為轉錄因子結合位點所指的序列ATGCCT 應該是編碼鏈的序列吧?如果模板鏈3端(也就是編碼鏈的5端)也含有序列也是ATGCCT(5端到3端),那么啟動子依然會識別嗎?與上述第一個問題一樣,模板鏈若也存在反向序列(非互補)TCCGTA(5端到3端),那么轉錄方向會相反嗎? 求高手解答,謝謝! |
專家顧問 (正式寫手)
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專家經(jīng)驗: +220 |
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你的問題很有代表性 不管是原核還是真核轉錄,都需要一堆蛋白,其中的DNA結合蛋白占有關鍵作用。 DNA結合蛋白,識別的是雙鏈DNA,結合位點往往在DNA雙螺旋的大溝和小溝,也就是說,雖然人們習慣性的說某個轉錄因子結合例如ATCGATCG,其實人家真正識別是的 5‘-ATCGATCG-3’ 3-TAGCTAGC-5‘ 這樣一個DNA雙螺旋。 至于轉錄方向,并非這些轉錄因子能夠決定的,而是決定于RNA聚合酶,但是RNA聚合酶往往又需要這些轉錄因子的幫助,才能結合到DNA上,所以到底往哪邊走,是一群蛋白共同操縱RNA聚合酶的結果。 |
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