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轉(zhuǎn)基因猴子木蟲 (正式寫手)
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[求助]
gromacs蛋白計(jì)算結(jié)束后老是跑出盒子 已有3人參與
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最近使用gromacs對(duì)我的目的蛋白進(jìn)行分子模擬。box使用cubic，直徑為1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直徑調(diào)整為1.5nm，50ns跑完后蛋白依舊跑出了盒子。這是為何呀？是不是我參數(shù)哪里設(shè)錯(cuò)了？ 下面附上我最后MD時(shí)的參數(shù)： title = Yo cpp = /usr/bin/cpp constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 25000000 ; total 10 ps. nstxout = 2000 nstvout = 2000 nstfout = 0 nstlog = 2000 nstenergy = 2000 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein non-protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 450 450 ; Energy monitoring energygrps = Protein non-protein ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 450 K. gen_vel = yes gen_temp = 450.0 gen_seed = 173529 |
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