 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4552 | 回復: 19 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
轉基因猴子木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
gromacs蛋白計算結束后老是跑出盒子 已有3人參與
|
||
|
最近使用gromacs對我的目的蛋白進行分子模擬。box使用cubic，直徑為1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直徑調整為1.5nm，50ns跑完后蛋白依舊跑出了盒子。這是為何呀？是不是我參數(shù)哪里設錯了？ 下面附上我最后MD時的參數(shù)： title = Yo cpp = /usr/bin/cpp constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 25000000 ; total 10 ps. nstxout = 2000 nstvout = 2000 nstfout = 0 nstlog = 2000 nstenergy = 2000 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein non-protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 450 450 ; Energy monitoring energygrps = Protein non-protein ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 450 K. gen_vel = yes gen_temp = 450.0 gen_seed = 173529 |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜歡
281求調劑（0805）
已經(jīng)有8人回復
-
環(huán)境領域全國重點實驗室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復
-
301求調劑
已經(jīng)有6人回復
-
一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調劑
已經(jīng)有7人回復
-
302求調劑
已經(jīng)有6人回復
-
26博士申請
已經(jīng)有3人回復
-
268求調劑
已經(jīng)有3人回復
-
311求調劑
已經(jīng)有10人回復
-
被我言中：新模板不強調格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請教gromacs蛋白與小分子相互作用分析
已經(jīng)有12人回復
- Gromacs運算結束后如何提取某指定模擬時間的蛋白質結構？
已經(jīng)有3人回復
- 蛋白之間相互作用的殘基及作用力
已經(jīng)有3人回復
- 關于gromacs續(xù)跑連接文件的問題
已經(jīng)有5人回復
- 求助：Gromacs平衡時蛋白跑出盒子了，怎么辦？
已經(jīng)有7人回復
- 急求：gromacs各種能量計算
已經(jīng)有3人回復
- 跑完Gromacs的動力學模擬之后的軌跡文件.trr里面沒有內容，為什么？
已經(jīng)有4人回復
- Amber 分子動力學 求助�。。�！
已經(jīng)有10人回復
- gromacs主頁的蛋白質與配體作用
已經(jīng)有5人回復
- 水分子的分子動力學模擬中水分子跑出盒子
已經(jīng)有10人回復
- gromacs 模擬NPT系宗出問題
已經(jīng)有8人回復
- VMD怎么顯示模擬盒子的邊界？
已經(jīng)有6人回復
- discover模擬，分子跑到盒子外面怎么辦
已經(jīng)有5人回復
- GROMACS安裝時總是出現(xiàn)configure: error: Unknown FFT library，請問是什么原因
已經(jīng)有9人回復
- 在gromacs中運行mdrun命令時出錯
已經(jīng)有10人回復
- 請教做MD計算時，蛋白質分子有一部分跑出水盒子
已經(jīng)有9人回復
- 【求助】水盒子問題
已經(jīng)有17人回復
xueer小雯
金蟲 (初入文壇)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 2240.9
- 紅花: 1
- 帖子: 36
- 在線: 359.1小時
- 蟲號: 2318904
- 注冊: 2013-03-05
- 專業(yè): 藥物設計與藥物信息
9樓2014-04-02 18:00:09
xulinan
木蟲 (小有名氣)
- 應助: 24 (小學生)
- 金幣: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在線: 96.3小時
- 蟲號: 1123245
- 注冊: 2010-10-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生理與生物化學
2樓2014-04-01 22:13:54
轉基因猴子
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 15 (小學生)
- 金幣: 3791.5
- 散金: 29
- 紅花: 4
- 帖子: 784
- 在線: 277.7小時
- 蟲號: 450786
- 注冊: 2007-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學
3樓2014-04-02 06:12:11
xulinan
木蟲 (小有名氣)
- 應助: 24 (小學生)
- 金幣: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在線: 96.3小時
- 蟲號: 1123245
- 注冊: 2010-10-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生理與生物化學
4樓2014-04-02 06:48:07
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 311求調劑 +9 | 冬十三 2026-03-15 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 303求調劑 +3 | 睿08 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +6 | 孔志浩 2026-03-12 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調劑 +4 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 289求調劑 +6 | 步川酷紫123 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277材料科學與工程080500求調劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調劑 +4 | 威化餅07 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工0805材料求調劑 +7 | mysdl 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +6 | Mochaaaa 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 四川大學085601材料工程專碩 初試294求調劑 +4 | 祝我們好在冬天 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +4 | 芬達46 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科278分求調劑 +5 | 周慢熱啊 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 314求調劑 +7 | 無懈可擊的巨人 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +7 | ADT 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請求調劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料301分求調劑 +5 | Liyouyumairs 2026-03-12 | 5/250 |
|