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壞孩子、新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
內(nèi)參基因篩選的問(wèn)題 已有1人參與
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本人做的是一種藥用真菌內(nèi)參基因的篩選試驗(yàn)，該真菌只有菌絲和菌核兩種形態(tài)，從菌絲接種到栽培料開(kāi)始差不多110天能形成菌核。 現(xiàn)在看別人論文的試驗(yàn)設(shè)計(jì)，都是取不同組織或不同生長(zhǎng)時(shí)期或不同的脅迫處理等等，然后取樣測(cè)表達(dá)量，但是我的這個(gè)真菌內(nèi)參基因篩選目前只定下來(lái)取不同時(shí)期的樣品。而我的不同組織的話就只有菌絲和菌核。我后期的試驗(yàn)只要知道不同時(shí)期表達(dá)穩(wěn)定的內(nèi)參基因就可以滿(mǎn)足了。 我想問(wèn)的是別人的不同脅迫處理（比如低溫，或高溫）的依據(jù)是什么？和他們的后期試驗(yàn)有關(guān)系嗎？ 求大神指點(diǎn)，金幣有限，全部奉上 |
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7樓2016-04-28 16:28:30
biostar2009
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
壞孩子、: 金幣+1, ★有幫助 2014-04-12 21:39:15
壞孩子、(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-04-14 08:23:41
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不是搞真菌的，直說(shuō)內(nèi)參基因的事情 內(nèi)參基因從設(shè)定開(kāi)始到現(xiàn)在，其實(shí)都是一個(gè)有些爭(zhēng)議的問(wèn)題 因?yàn)樯茖W(xué)發(fā)展到現(xiàn)在，仍然基本上沒(méi)有實(shí)現(xiàn)量化，沒(méi)有一個(gè)絕對(duì)量的概念，所以比較表達(dá)量，必須依賴(lài)于一個(gè)恒定的基因。這一點(diǎn)，類(lèi)似于化學(xué)早期對(duì)元素原子量的規(guī)定，大家都跟12C比，不然不可能統(tǒng)一。但是生命科學(xué)還遠(yuǎn)沒(méi)有到這個(gè)水平，我們的”內(nèi)參“，僅僅只是起到了歸一化的作用，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能實(shí)現(xiàn)量化的統(tǒng)一。 但是恒定的基因幾乎是不存在的，人們選擇的一些常用的內(nèi)參基因，基本理論是這些基因從轉(zhuǎn)錄到mRNA到蛋白，一路上沒(méi)有太大的調(diào)控，他們就這樣穩(wěn)定的表達(dá)著。于是找到了一些結(jié)構(gòu)性的基因，比如actin，tubulin，GAPDH，U6，5S rRNA，histone etc 其實(shí)這些基因仍然會(huì)變，在不同的背景下，或者不同的條件下，這些基因都會(huì)變化。 二代測(cè)序的出現(xiàn)為RNA量化，提供了一個(gè)新的視野。 比如做了RNA-seq，有的基因測(cè)得多，有的基因測(cè)得少，如何歸一化？ 不用歸一化！ 因?yàn)镽NA-seq建庫(kù)是不依賴(lài)于序列的克隆過(guò)程，可以認(rèn)為這個(gè)過(guò)程對(duì)待所有的RNA都是平等的，最終測(cè)到多的，就可以認(rèn)為表達(dá)量高，測(cè)得少的，就是表達(dá)量低。 然后人們?cè)俜催^(guò)來(lái)看那些曾經(jīng)選定的內(nèi)參基因。 在RNA-seq數(shù)據(jù)中，經(jīng)常就在變，根本不”恒定“。 所以我覺(jué)得在目前的大環(huán)境下，你再去選擇一個(gè)新系統(tǒng)的內(nèi)參基因，不妨做一次RNA-seq，在你選擇的環(huán)境/因素/背景下，找那些變化不大的基因，再在這些基因中挑選相對(duì)比較”恒定“的基因。從高通量的角度出發(fā)，你會(huì)有更大的收貨。 |
2樓2014-04-12 21:31:51
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3樓2014-04-13 08:28:22
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4樓2014-04-13 11:59:25
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