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水兒CoCo木蟲 (小有名氣)
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[求助]
grompp運(yùn)行出錯(cuò)，求大神指教 已有2人參與
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運(yùn)行步驟grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.5 Source code file: grompp.c, line: 1584 Fatal error: Too many warnings (1), grompp terminated. If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option. 這是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件應(yīng)該是沒有問題的。 然后我加上-maxwarn之后再運(yùn)行g(shù)rompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 出現(xiàn)以下錯(cuò)誤 Fatal error: Expected an integer argument for option -maxwarn 我不知道該怎么改文件啊，求大神指點(diǎn)  要瘋了mcl4-solv.jpg top.jpg |
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2樓2014-04-16 09:40:07
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4樓2014-04-16 10:21:53
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送紅花一朵 |
好了雖然還是有提示，但是能夠運(yùn)行得出結(jié)果，謝謝大神  感動(dòng)啊感動(dòng)，小紅花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning |
5樓2014-04-16 10:29:13
astrozheng
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-22 20:09:24
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這里是H原子不對(duì)應(yīng)。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不對(duì)應(yīng)。 在創(chuàng)建.top文件的時(shí)候，用pdb2gmx這個(gè)功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后來Gromacs會(huì)自動(dòng)添加H原子，不會(huì)出現(xiàn)這種錯(cuò)誤。也可以用vim或者sed或者awk手動(dòng)去掉PDB文件中的所以H原子，再進(jìn)行下面的操作。 |
6樓2014-04-19 22:04:04
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8樓2014-06-23 14:42:04
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