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水兒CoCo木蟲 (小有名氣)
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[求助]
grompp運行出錯，求大神指教 已有2人參與
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運行步驟grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.5 Source code file: grompp.c, line: 1584 Fatal error: Too many warnings (1), grompp terminated. If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option. 這是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件應該是沒有問題的。 然后我加上-maxwarn之后再運行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 出現(xiàn)以下錯誤 Fatal error: Expected an integer argument for option -maxwarn 我不知道該怎么改文件啊，求大神指點  要瘋了mcl4-solv.jpg top.jpg |
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2樓2014-04-16 09:40:07
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3樓2014-04-16 09:44:32
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送紅花一朵 |
好了雖然還是有提示，但是能夠運行得出結果，謝謝大神  感動啊感動，小紅花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning |
5樓2014-04-16 10:29:13
astrozheng
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7樓2014-04-21 08:42:09
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9樓2014-06-23 19:57:50
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