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青竹雅雨新蟲 (初入文壇)
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[求助]
為什么不同的miRNA編號(hào)有相同的成熟序列 已有2人參與
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UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319b UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319c UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319d 如上，miRNA編號(hào)不同，但是成熟序列完全一樣。miRNA的命名原則解釋：高度同源的miRNA在數(shù)字后加上英文小寫字母(a,b,c,…)區(qū)分。但是成熟序列完全一樣用一個(gè)編號(hào)不就行了？ 初學(xué)者，求指點(diǎn)。 |
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 miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析 | 分子生物學(xué)技術(shù) | ncRNA研究資料 |
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yuehedou
木蟲 (小有名氣)
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3樓2014-04-23 09:24:20
2樓2014-04-22 22:38:18
biostar2009
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
青竹雅雨: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-04-23 13:49:27
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
青竹雅雨: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-04-23 13:49:27
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2001年，剛剛獨(dú)立的Thomas Tuschl首次在果蠅中克隆到了內(nèi)源siRNA。 這讓人不僅聯(lián)想到了早在1993年V Ambros 在線蟲中克隆到的小調(diào)控RNA lin4。 Thomas Tuschl的小RNA克隆方法雖然是很早就建立的，但是在小RNA領(lǐng)域的運(yùn)用取得了驚人的效果。 緊隨其后，Thomas Tuschl，他的博后老板David Bartel，以及理論上首次發(fā)現(xiàn)內(nèi)源小RNA的Ambros實(shí)驗(yàn)室，還是在2001年，各以一篇Science paper，宣告miRNA時(shí)代的到來。 Thomas Tuschl打頭的這篇paper中即闡述了miRNA命名的基本規(guī)則。 隨后，miRNA大量發(fā)現(xiàn)，仍然是這三家，在國(guó)際RNA協(xié)會(huì)會(huì)刊RNA上，發(fā)表了一篇規(guī)范miRNA命名的paper： A uniform system for microRNA annotation. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12592000 最開始的miRNA信息由Sanger研究所的一個(gè)網(wǎng)站收集，很多老paper還在引這個(gè)，隨后miBase成立，成為目前最權(quán)威的miRNA命名數(shù)據(jù)庫(kù)。 這種科學(xué)權(quán)威出面，人為規(guī)定命名的方式為miRNA研究提供了很大方便，這一點(diǎn)從基因命名的歷史就可以看出，隨便一個(gè)什么基因，名字都有一大把，而且還經(jīng)常一名多用。 最開始的規(guī)則是： 1，miRNA，除歷史原因，在2001年前即以通過遺傳學(xué)方式發(fā)現(xiàn)并命名的lin，let系統(tǒng)外，均以miR-開頭。 2，miRNA的編號(hào)分為3級(jí)系統(tǒng)。 miR-羅馬數(shù)字，表示含有相同seed sequence的一個(gè)miRNA family 含有相同seed sequence，但是其他序列仍有所不同的，即是一個(gè)miRNA family中的成員，用a，b，c，d etc表示 對(duì)于mature miRNA序列相同，但是pre-miRNA不同的，即是一個(gè)miRNA的isoform，用羅馬數(shù)字在最后表示，如let-7a-1，let-7a-2，let-7a-3，成熟的miRNA只有l(wèi)et-7a。 這個(gè)命名規(guī)則隨著miRNA研究的發(fā)生也發(fā)生了一些變化。 最重要的就是二代測(cè)序的發(fā)展，對(duì)miRNA star strand，或者passage strand的理解。 一個(gè)pre-miRNA經(jīng)過Dicer切割之后可以產(chǎn)生兩條小RNA，早期的理論認(rèn)為，其中一條作為mature-miRNA進(jìn)入RISC，另一條就降解了，標(biāo)記為*，比如let-7a-1*，注意，let-7a-1，-2，-3都是let-7a前體，但是*序列還是不同，所以表示為let-7a-1*，let-7a-2*，let-7a-3*。 隨后發(fā)現(xiàn)，很多miRNA曾經(jīng)認(rèn)為的*很穩(wěn)定，也能作為mature miRNA發(fā)揮作用。 為了避免*的歧視意味 改稱5p和3p 也就是pre-miRNA，靠近5‘的那個(gè)，叫5p，靠近3’的那個(gè)，叫3p 同樣的，如果序列不一樣，就在最后加數(shù)字， 比如，剛才說的let-7a，3個(gè)isoform，可以產(chǎn)生這樣的mature-miRNA >hsa-let-7a-5p MIMAT0000062 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU >hsa-let-7a-3p MIMAT0004481 CUAUACAAUCUACUGUCUUUC >hsa-let-7a-2-3p MIMAT0010195 CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC 這里的3p，就是曾經(jīng)的*，注意，*在5和3p是不一定的。 7a-1和7a-3產(chǎn)生了相同序列的3p，統(tǒng)稱let-7a-3p 而7a-2的3p序列有所不同，單稱let-7a-2-3p。 |
4樓2014-04-23 09:59:31
5樓2021-10-09 10:54:37
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