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Leo要努力啊金蟲 (初入文壇)
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[求助]
***�。�！細菌全基因組測序 亟待解決的困惑！��！*** 已有1人參與
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最近在做幾株細菌的全基因組測序，自己有很多問題，希望懂這方面的大蝦們給解答一下： 1.對于細菌這種小基因組（總共也才幾兆）而言，而且跟我的菌株最相似的菌株已經(jīng)測過了全基因組的草圖了，應(yīng)該選擇de novo測序還是全基因組重測序呢？這兩個方法是不是價格會差很多？也咨詢可以前做過細菌全基因組測序的師兄師姐，他們一般是測一個菌3-4萬（好似是測得de novo），現(xiàn)在老板讓我測便宜的3000一個菌的（合同上是全基因組重測序），原來實驗室也做過這種測序，從結(jié)果來看de novo和重測序都給了常見蛋白庫的注釋，也都搭建了contig和scaffold，但是重測序的scaffold較de novo的大很多，是不是因為沒有做大片段文庫導致的？這個疑問在下面的問題中也提到了。有人知道這兩種大概有什么區(qū)別么，為什么價錢會差這么多，對于我這種有最相似菌株作參考基因組的細菌來說選重測序這種方法是不是就足夠了呢？ 2.從reads到contigs可以想象出拼接的過程，可是從contig到scaffold是怎么拼接的，pair-ends是怎么發(fā)揮作用的？是不是只有illumina測序儀才會產(chǎn)生pair-ends，如果用454呢？ 3.為什么要分別構(gòu)建大、小片段文庫，各自是有什么不同的作用才需要構(gòu)建幾種不同的文庫么，對于測細菌的基因組來說構(gòu)建幾個文庫（200bp、500bp、2K、5k、10K都要做還是選兩三個就夠了？）是足夠的？跟拼接到contig或者scaffold有什么關(guān)系么？ 4.測序深度怎么確定，是按經(jīng)驗來都測100-150×左右么，還是視測序結(jié)果而定？ |
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nanhu1984
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回答你的部分問題： 1）測序深度：是測序的總數(shù)據(jù)量除以你的基因組大小 2）一般如果沒有參考基因組測序，才選擇de novo。 3）其實如果是送到公司測序，你沒必要關(guān)注測序方法。只要能夠滿足你的數(shù)據(jù)分析要求即可。（一般的草圖測序，每株<5000元左右），覆蓋度有個幾十倍就可以了 感興趣可以參考本人網(wǎng)站http://www.microbialgenomic.com |
2樓2014-05-15 21:58:57
scelab
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