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Leo要努力啊金蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
***！�。〖�(xì)菌全基因組測(cè)序 亟待解決的困惑！��！*** 已有1人參與
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最近在做幾株細(xì)菌的全基因組測(cè)序，自己有很多問(wèn)題，希望懂這方面的大蝦們給解答一下： 1.對(duì)于細(xì)菌這種小基因組（總共也才幾兆）而言，而且跟我的菌株最相似的菌株已經(jīng)測(cè)過(guò)了全基因組的草圖了，應(yīng)該選擇de novo測(cè)序還是全基因組重測(cè)序呢？這兩個(gè)方法是不是價(jià)格會(huì)差很多？也咨詢可以前做過(guò)細(xì)菌全基因組測(cè)序的師兄師姐，他們一般是測(cè)一個(gè)菌3-4萬(wàn)（好似是測(cè)得de novo），現(xiàn)在老板讓我測(cè)便宜的3000一個(gè)菌的（合同上是全基因組重測(cè)序），原來(lái)實(shí)驗(yàn)室也做過(guò)這種測(cè)序，從結(jié)果來(lái)看de novo和重測(cè)序都給了常見(jiàn)蛋白庫(kù)的注釋，也都搭建了contig和scaffold，但是重測(cè)序的scaffold較de novo的大很多，是不是因?yàn)闆](méi)有做大片段文庫(kù)導(dǎo)致的？這個(gè)疑問(wèn)在下面的問(wèn)題中也提到了。有人知道這兩種大概有什么區(qū)別么，為什么價(jià)錢(qián)會(huì)差這么多，對(duì)于我這種有最相似菌株作參考基因組的細(xì)菌來(lái)說(shuō)選重測(cè)序這種方法是不是就足夠了呢？ 2.從reads到contigs可以想象出拼接的過(guò)程，可是從contig到scaffold是怎么拼接的，pair-ends是怎么發(fā)揮作用的？是不是只有illumina測(cè)序儀才會(huì)產(chǎn)生pair-ends，如果用454呢？ 3.為什么要分別構(gòu)建大、小片段文庫(kù)，各自是有什么不同的作用才需要構(gòu)建幾種不同的文庫(kù)么，對(duì)于測(cè)細(xì)菌的基因組來(lái)說(shuō)構(gòu)建幾個(gè)文庫(kù)（200bp、500bp、2K、5k、10K都要做還是選兩三個(gè)就夠了？）是足夠的？跟拼接到contig或者scaffold有什么關(guān)系么？ 4.測(cè)序深度怎么確定，是按經(jīng)驗(yàn)來(lái)都測(cè)100-150×左右么，還是視測(cè)序結(jié)果而定？ |
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hezy365
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7樓2014-12-17 13:02:58
nanhu1984
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回答你的部分問(wèn)題： 1）測(cè)序深度：是測(cè)序的總數(shù)據(jù)量除以你的基因組大小 2）一般如果沒(méi)有參考基因組測(cè)序，才選擇de novo。 3）其實(shí)如果是送到公司測(cè)序，你沒(méi)必要關(guān)注測(cè)序方法。只要能夠滿足你的數(shù)據(jù)分析要求即可。（一般的草圖測(cè)序，每株<5000元左右），覆蓋度有個(gè)幾十倍就可以了 感興趣可以參考本人網(wǎng)站http://www.microbialgenomic.com |
2樓2014-05-15 21:58:57
scelab
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3樓2014-05-15 23:14:17
nanhu1984
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4樓2014-05-25 00:25:12
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