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pdl9527專家顧問 (小有名氣)
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MS的Dmol3模塊COSMO計算的問題。 已有1人參與
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我在別的區(qū)提過了，沒人解答。。。。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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gmy1990: 金幣+3 2014-05-14 03:46:53
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剛開始我也出現(xiàn)這個問題，我對照了所有參數(shù)發(fā)覺都沒有問題，后來我猜測是計算P(sigma)的公式不一樣導致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3單位默認的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即長度單位是Bohr，兩者換算關(guān)系是1Bohr=0.529Angstrom，所以先進行換算單位，然后通過ppt提供的程序分析結(jié)果即可。 過程如下： 先把cosmo中的$segment information部分拷貝到記事本propane.txt進行保存，然后導入到origin或是excel，其中有幾列，Area那一列要將原來的換算成Area*0.529*0.529，charge/Area直接用chage那一列將原來的值除以新?lián)Q算的Area即可，Potential那一列要將原來的除以0.529，然后再導出為propane.txt. 然后用ppt提供的程序進行處理，在此之前先在C:\創(chuàng)建一個C:\PROFIlES的文件夾，然后啟動程序，該程序首先讓你輸入完整的文件路徑（建議不要是中文的），然后輸入生成文件的名稱（這個隨便），然后輸入片段數(shù)目（total number of segments，即cosmo文件中的），如例子中的438.然后就可以到C:\PROFIlES去找生成的txt文件，然后將這個txt文件導入origin或excel作圖即可。 |
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2014-05-14 03:26:23, 344.12 K
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
pdl9527
7樓2014-05-14 03:30:36
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雖然我對溶劑化了解的不多，昨天剛剛和人討論過這個問題，趕上得很是時候。 ppt結(jié)尾引用了文獻Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，這個似乎對應的是Dmol3老的溶劑化計算方法（Dmol3的help能夠查到），這種方法計算sigma的時候和新方法（默認的ibs）不一樣，我們發(fā)覺空穴孔洞面積確實不同。如果要在Dmol3中實現(xiàn)Klamt方法，應該先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他參數(shù)設定完成)-Files-save files，然后產(chǎn)生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files運行。 即便這樣，我不太確定每個原子的溶劑化半徑在兩個程序（你給出的ppt和Dmol3）中是否相同。不過仍舊建議你做個測試進行比較。 |
2樓2014-05-13 13:16:48
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不好意思我那個附件傳錯了，這地方又傳看一邊：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 請在幫忙看看，他的COSMO是ON的狀態(tài)的~ |
3樓2014-05-13 18:25:45
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