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pdl9527專家顧問 (小有名氣)
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MS的Dmol3模塊COSMO計算的問題。 已有1人參與
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我在別的區(qū)提過了，沒人解答。。。。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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經(jīng)常有人數(shù)據(jù)換算后出錯，我將網(wǎng)站上的源碼做了修改能夠適應于MS默認的單位，這樣MS7.0版本的直接將cosmo的數(shù)據(jù)部分保存后導入程序中即可使用。 |
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2016-06-30 05:05:26, 1000 K
24樓2016-06-30 05:09:32
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gkf高: 金幣+4 2014-05-13 16:14:05
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雖然我對溶劑化了解的不多，昨天剛剛和人討論過這個問題，趕上得很是時候。 ppt結(jié)尾引用了文獻Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，這個似乎對應的是Dmol3老的溶劑化計算方法（Dmol3的help能夠查到），這種方法計算sigma的時候和新方法（默認的ibs）不一樣，我們發(fā)覺空穴孔洞面積確實不同。如果要在Dmol3中實現(xiàn)Klamt方法，應該先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他參數(shù)設定完成)-Files-save files，然后產(chǎn)生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files運行。 即便這樣，我不太確定每個原子的溶劑化半徑在兩個程序（你給出的ppt和Dmol3）中是否相同。不過仍舊建議你做個測試進行比較。 |
2樓2014-05-13 13:16:48
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不好意思我那個附件傳錯了，這地方又傳看一邊：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 請在幫忙看看，他的COSMO是ON的狀態(tài)的~ |
3樓2014-05-13 18:25:45
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4樓2014-05-13 19:59:31
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5樓2014-05-13 20:03:51
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# Task parameters Calculate energy Symmetry on Max_memory 2048 File_usage smart Basis_Version V4.0.0 # Environment keywords Cosmo on Cosmo_Grid_Size 1082 Cosmo_Segments 92 Cosmo_Solvent_Radius 1.300000 Cosmo_A-Matrix_Cutoff 7.000000 Cosmo_Radius_Incr 0.000000 Cosmo_A-Constant 1.882190 Cosmo_B-Constant 0.010140 Cosmo_RadCorr_Incr 0.150000 Cosmo_Atomic_Radii 1 1.300000 6 2.000000 7 1.830000 8 1.720000 9 1.720000 15 2.1200000 16 2.1600000 17 2.0500000 35 2.1600000 53 2.3200000 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional vwn-bp Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 2.0000e-001 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties |
6樓2014-05-13 21:19:21
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剛開始我也出現(xiàn)這個問題，我對照了所有參數(shù)發(fā)覺都沒有問題，后來我猜測是計算P(sigma)的公式不一樣導致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3單位默認的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即長度單位是Bohr，兩者換算關(guān)系是1Bohr=0.529Angstrom，所以先進行換算單位，然后通過ppt提供的程序分析結(jié)果即可。 過程如下： 先把cosmo中的$segment information部分拷貝到記事本propane.txt進行保存，然后導入到origin或是excel，其中有幾列，Area那一列要將原來的換算成Area*0.529*0.529，charge/Area直接用chage那一列將原來的值除以新?lián)Q算的Area即可，Potential那一列要將原來的除以0.529，然后再導出為propane.txt. 然后用ppt提供的程序進行處理，在此之前先在C:\創(chuàng)建一個C:\PROFIlES的文件夾，然后啟動程序，該程序首先讓你輸入完整的文件路徑（建議不要是中文的），然后輸入生成文件的名稱（這個隨便），然后輸入片段數(shù)目（total number of segments，即cosmo文件中的），如例子中的438.然后就可以到C:\PROFIlES去找生成的txt文件，然后將這個txt文件導入origin或excel作圖即可。 |
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pdl95277樓2014-05-14 03:30:36
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gmy1990: 金幣+2 2014-10-12 21:28:44
gmy1990: 金幣+2 2014-10-12 21:28:44
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你對照的是下載回來的example？如果是vt2005-00003，那么我發(fā)現(xiàn)有一點需要注意，嚴謹起見，我看了他的輸出文件，它采用的Orbital Cutoff不是fine默認的3.7Angstroms，而是5.5Angstroms，即10.397a.u.另外1Bohhr=0.529.......Angstrom，這個也會造成一些偏差。 溶劑化模型了解的不多，說不上來什么，不過有個建議，你可以看看ChemiAndy和sobereva兩位前輩的帖子，直接給傳送門 http://hi.baidu.com/sobereva/item/5e0b9bd4d49d7ae6b2f777d7 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3965375 以前讀了他們的帖子深受啟發(fā)。你也可以直接問他們。 COSMO/CPCM的模型在你的兩份ppt上面所列出的文獻你可以讀一下，這比問任何人都要有效也更重要。 |
10樓2014-05-14 11:39:32
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