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pdl9527專家顧問 (小有名氣)
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[求助]
MS的Dmol3模塊COSMO計算的問題。 已有1人參與
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我在別的區(qū)提過了，沒人解答。。。。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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pdl9527
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9樓2014-05-14 10:39:11
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雖然我對溶劑化了解的不多，昨天剛剛和人討論過這個問題，趕上得很是時候。 ppt結尾引用了文獻Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，這個似乎對應的是Dmol3老的溶劑化計算方法（Dmol3的help能夠查到），這種方法計算sigma的時候和新方法（默認的ibs）不一樣，我們發(fā)覺空穴孔洞面積確實不同。如果要在Dmol3中實現(xiàn)Klamt方法，應該先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他參數(shù)設定完成)-Files-save files，然后產(chǎn)生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files運行。 即便這樣，我不太確定每個原子的溶劑化半徑在兩個程序（你給出的ppt和Dmol3）中是否相同。不過仍舊建議你做個測試進行比較。 |
2樓2014-05-13 13:16:48
pdl9527
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不好意思我那個附件傳錯了，這地方又傳看一邊：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 請在幫忙看看，他的COSMO是ON的狀態(tài)的~ |
3樓2014-05-13 18:25:45
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