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lmyiop

金蟲 (小有名氣)

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[求助] 從Amber生成的軌跡中抽取出蛋白和小分子的結(jié)構(gòu) 已有1人參與

請(qǐng)問Amber做完分子動(dòng)力模擬后，用什么方法可以從Amber生成的軌跡中抽取出蛋白和小分子的結(jié)構(gòu)，生成新的不含溶劑分子的軌跡文件

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1樓 2014-06-14 16:08:28

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jiazhuamh

銅蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

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lmyiop: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2014-06-15 22:07:58
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-17 15:53:44

Amber動(dòng)力學(xué)模擬后的軌跡通常用AmberTools里的ptraj命令來(lái)處理，使用方法如下：
      ptraj prmtop script
這里的prmtop是你體系的拓?fù)湮募�，script是腳本文件，里面寫軌跡處理的相關(guān)命令。比如我要導(dǎo)入軌跡的前500幀，去除水和離子（NA+），保存成pdb文件，script腳本可以這樣寫：
      trajin com_sol_md.mdcrd 1 500 1
      strip ':WAT,Na+'
      trajout analog_movie_50.pdb pdb append
更多的命令請(qǐng)參考AmberTools手冊(cè)。
希望能幫到你！

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2樓2014-06-15 12:40:05