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lmyiop金蟲 (小有名氣)
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[求助]
從Amber生成的軌跡中抽取出蛋白和小分子的結(jié)構(gòu) 已有1人參與
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| 請問Amber做完分子動力模擬后，用什么方法可以從Amber生成的軌跡中抽取出蛋白和小分子的結(jié)構(gòu)，生成新的不含溶劑分子的軌跡文件 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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lmyiop: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2014-06-15 22:07:58
月只藍: 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-17 15:53:44
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Amber動力學(xué)模擬后的軌跡通常用AmberTools里的ptraj命令來處理，使用方法如下： ptraj prmtop script 這里的prmtop是你體系的拓撲文件，script是腳本文件，里面寫軌跡處理的相關(guān)命令。比如我要導(dǎo)入軌跡的前500幀，去除水和離子（NA+），保存成pdb文件，script腳本可以這樣寫： trajin com_sol_md.mdcrd 1 500 1 strip ':WAT,Na+' trajout analog_movie_50.pdb pdb append 更多的命令請參考AmberTools手冊。 希望能幫到你！ |
2樓2014-06-15 12:40:05
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