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zhangmao511鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)我這個(gè)體系是否需要進(jìn)行自由能的計(jì)算？？？
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請(qǐng)教一下，我現(xiàn)在有這樣一個(gè)體系，想知道是否需要進(jìn)行自由能的計(jì)算？？ 一個(gè)蛋白A，把蛋白A上某個(gè)位點(diǎn)的氨基酸突變后成了蛋白B，分別對(duì)蛋白A和B進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，用的Gromacs，模擬了20ns，用spc水分子做的溶液。想看一下蛋白A和蛋白B（其實(shí)就是突變前后）結(jié)構(gòu)上的變化。很簡(jiǎn)單一個(gè)體系，我剛接觸分子模擬這一塊，弱弱的問(wèn)一下，這個(gè)體系模擬完后的后續(xù)分析，有必要進(jìn)行自由能的計(jì)算嗎？？或者說(shuō)，我這個(gè)體系適合做自由能的計(jì)算嗎？？ 感謝�。�！ |
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lsloneil
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月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-06-19 14:49:51
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-06-19 14:49:51
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你想通過(guò)自由能得到什么信息？還有，你想算什么自由能？是溶解自由能，還是和配體的binding free energy？ 如果你想比較A和B結(jié)構(gòu)上的不同，那么RMSD，rdf什么的可以給你提供一些信息，關(guān)于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)分析應(yīng)該還有其他的一些可以計(jì)算的性質(zhì)來(lái)表征結(jié)構(gòu)，你可以看看別人模擬蛋白的是怎么分析數(shù)據(jù)表征結(jié)構(gòu)的。 |
4樓2014-06-18 11:44:53
zhangmao511
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2樓2014-06-17 10:33:51
zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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5樓2014-06-18 14:53:19
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