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雪梨木木新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
tagSNP到底怎么代表一個(gè)基因上的所有SNP的，求指教。。 已有1人參與
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本人菜鳥(niǎo)一枚，希望大神不要見(jiàn)笑。 就是這個(gè)困擾我很久的問(wèn)題：Haploview分析出來(lái)的結(jié)果比如說(shuō)3個(gè)SNP在一個(gè)單倍型區(qū)域。比方說(shuō)rs1234，rs5678，rs4321，那如果rs1234被選為tagSNP，我就做rs1234與某疾病的關(guān)聯(lián)。結(jié)果顯示rs1234確實(shí)與該病相關(guān)，那么作為tagSNP的rs1234是否就可以說(shuō)明rs5678和rs4321也與該病相關(guān)呢？如若不是，那rs1234作為tagSNP的意義何在？盤(pán)大神指教~~~急 |
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rb
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
雪梨木木(silicare代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與 2014-06-18 16:10:45
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tagSNP涉及到單倍型的問(wèn)題!。比方說(shuō)rs1234，rs5678，rs4321三個(gè)SNP，假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，這些突變不是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT,另一條是CCA。因?yàn)樵诨蚪M中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個(gè)區(qū)域可大可小，組成一個(gè)單倍型框，在區(qū)域里也會(huì)存在其它SNP。人們沒(méi)有必要把這些SNP都找出來(lái)，因?yàn)樗鼈兺拖袷抢壴谝黄鸬�。于是從中選出一個(gè)代表性的SNP，它可以反映這個(gè)區(qū)域的情況。 如果tagSNP rs1234確實(shí)與該病相關(guān)，那么作為tagSNP的rs1234不僅說(shuō)明rs5678和rs4321與該病相關(guān)，整個(gè)區(qū)域其它SNP也與疾病相關(guān)，但是哪個(gè)是功能性SNP無(wú)法通過(guò)tagSNP找到。 |
2樓2014-06-17 01:59:41
myyounger
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還有一個(gè)想請(qǐng)教的：如果這三個(gè)SNP組成一個(gè)單倍型框，那么我選擇做哪個(gè)SNP對(duì)結(jié)果是否會(huì)產(chǎn)生影響，因?yàn)镠aploview在選tagSNP的時(shí)候貌似是隨機(jī)的，每次結(jié)果不一樣。 4樓2014-06-18 00:39:17
rb
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5樓2014-06-18 01:24:04
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